根据上述职责，内江市国土资源局设10个内设机构和市中区直属分局、东兴区直属分局。
办公室
（群众工作接待室）
负责机关党、政事务管理及后勤服务工作。承担文秘事务、文电收发运转和印章管理、安全保卫、保密、来信来访、信息、档案、新闻发布、宣传、科技发展和政务公开等工作；负责精神文明建设、综合目标考核等工作；组织国土资源重大课题调研；承担机关固定资产管理和综合业务与协调处理等工作；承担机关效能建设、绩效考核和督察督办等工作；承办局党委日常工作。
法规监察科
组织起草国土资源管理规范性文件，协调局内有关规范性文件的起草工作，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和管理指导；依法查处土地、矿产违法案件。
综合规划科
编制实施国土、土地利用、矿产资源等综合规划，组织编制资源调查评价、开发、整理、复垦等专项规划；参与编制地质勘查、地质环境、矿山环境保护、地质灾害防治等专项规划，依法指导和审核国土资源相关规划；编制实施土地利用计划和国土资源调查评价计划；承担建设项目用地预审工作；承担土地利用总体规划局部调整的审核、报批；开展全市国土资源经济形势分析，研究提出全市国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全市宏观经济运行涉及国土资源领域问题的研究，依法承办土地利用规划、计划的审查、报批，承担综合统计工作；研究并拟订有关国土资源的区域、城乡统筹协调、城乡建设用地增减挂钩、新农村建设、综合利用和循环经济的政策措施。
耕地保护科
拟订并实施耕地保护、基本农田保护、土地整理、复垦开发方面的政策规定与管理办法，承担耕地保护、基本农田保护、土地整理、复垦开发工作；负责农用地转用、土地征收征用批后实施的监督和备案工作，指导和监督各地土地征收征用的补偿安置工作。
地籍科
拟订地籍管理实施细则；拟订土地确权、登记、争议调处办法并实施监督指导，调处全市重大或跨县（区）土地权属争议；指导全市各地土地登记资料的整理、共享和汇交管理工作；拟订全市土地调查、监测方案、技术规范和标准，并组织实施土地调查、土地登记、地籍管理信息系统、动态监测、地籍调查；依法承办土地权属纠纷调处、土地确权、权属核定等工作；指导全市地籍工作。
土地利用科
承担城乡建设用地和土地市场管理工作，规范土地使用权划拨、出让、租赁、作价出资和转让行为；拟订并实施土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理办法；实施建设用地开发利用标准；承办土地使用权划拨、出让、招标、拍卖，作价出资(入股)、转让、租赁、交易等工作；负责土地收购储备工作；依法对乡镇、村用地和农村集体非农土地使用权流转进行管理；承担节约集约用地评价和建设用地分等定级工作；承担基准地价、标定地价等地价管理工作，对土地市场和地价实施动态监测与监管；承担市属事业单位和改制企业国有土地资产处置的审核、报批工作；承担报市政府审批的市本级土地登记的国有土地划拨转出让、转让、收回、改变用途的审核、报批工作。
地质矿产环境科
承担采矿权审批登记发证的管理工作，依法进行采矿审批登记发证和采矿权转让审批登记；依法调处重大采矿争议和纠纷；初审上报评估机构从事采矿权评估的资格；初审国家、省、市出资形成的探矿权和省、市出资形成的采矿权评估结果；负责矿产资源开发、利用与保护的监督管理，承担矿产资源补偿费征收、矿产地储备、压覆矿产资源管理的事项；编制实施探矿权设置方案；管理探矿权市场。
财务科
承担国土资源专项收入征管工作；承担国家财政和省、市财政拨付的有关工作经费、专项资金、基金的管理工作和部门预决算、国库集中支付等财务工作；负责对国土资源各项行政事业性收费的征收和使用进行财务管理和监督；负责制定有关财务管理办法，承担机关财务和所属单位的财务核算管理工作；指导全市国土资源系统财务管理工作。
行政审批科
承办市政府公布的涉及国土资源管理的行政审批事项。承担市政府行政服务大厅国土资源窗口日常运行管理工作；负责协调行政审批事项的勘查、论证、审核、上报等相关工作；承担市本级土地登记、抵押、发证工作；负责行政审批专用章的使用管理及有关行政许可证的发放工作。
人事科
直属分局：内江市国土资源局市中区分局和东兴区分局人、财、物和业务工作实行市国土资源局主管、两区政府协管的体制。市中区分局、东兴分局受市国土资源局委托分别负责市中区、东兴区辖区内的国土资源管理工作。负责辖区内国土资源管理、法律、法规、政策宣传工作，编制修订辖区内土地利用总体规划、矿产资源保护与合理利用规划、地质灾害防治和地质遗迹保护规划、基本农田保护规划等；负责基本农田保护区划定和管理的具体工作；组织辖区内土地资源的调查、土地开发整理工作；负责辖区内农房审批和建设用地供应的有关工作；负责辖区内国有土地管理、矿产资源补偿征收和集体土地流转管理工作；负责辖区内土地登记发证、土地变更调查、土地综合统计等地籍地政管理等有关基础工作；依法组织采矿权审批登记发证、采矿权转让审批登记、地质灾害防治和其他地质矿产管理的有关工作；协助调查处理辖区内的国土资源纠纷和国土资源违法案件；依法为辖区的经济和社会发展提供用地服务；负责本区国土资源执法监察队伍和基层国土资源所的建设管理；完成市局和区委、区政府交办的其他事项。
