下设13个科室（办公室、政策法规科、货物和劳务税科、所得税科、收入核算科、纳税服务科（纳税服务中心）、征收管理科、财务管理科、人事教育科、监察室、大企业和国际税务管理科、进出口税收管理科、机关党办、离退休干部科），3个事业单位（信息中心、机关服务中心、票证中心）和2个直属机构（稽查局、车辆购置税征收管理分局），下辖4个县区国税局（合浦县国税局、海城区国税局、银海区国税局、铁山港区国税局），共有干部职工530人，管辖全市各类纳税户19340户，其中内资企业4220户，外资企业216户，个体工商户14904户；主要负责增值税、消费税、企业所得税、储蓄存款利息所得个人所得税和车辆购置税的征收管理工作。
