北海市国家税务局直属机构2个，分别是稽查局、车辆购置税征收管理分局。稽查局级别为副处级，车辆购置税征收管理分局级别为正科级。

（1）稽查局

组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度检查计划确定的重点税源企业和税务违法案件的稽查、审理、执行工作；贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收举报案件的受理、转办或初查、检查；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检查、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查作；负责对全市的检查计划、大要案件稽查、税收专项检查进行统筹管理。

北海市国家税务局稽查局内设机构为7个（副科级），分别是：办公室、综合选案科、检查一科、检查二科、案件审理科、案件执行科和举报中心。

（2）车辆购置税征收管理分局

组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；协助车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理领取的车辆购置税票证。

车辆购置税征收管理分局内设5个股，分别是：办公室、综合业务股、征收股、管理股、票证股。