现拥有教育部“环境污染过程与基准教育部重点实验室”、国家环保部“国家环境保护城市空气颗粒物污染防治重点实验室”、“天津市生态环境修复与污染防治重点实验室”、教育部“985工程”循环经济哲学社会科学创新基地以及天津市循环经济与低碳发展人文社科重点研究基地、国家气象局城市及区域大气研究联合实验室、天津市教育委员会“循环经济与低碳发展研究中心”、天津市生物质类固废资源化技术工程中心、CRT玻璃资源综合利用行业工程实验室。

目前，学院拥有8个校级挂靠单位：环境科学研究中心、南开大学环境与社会发展研究中心、南开大学环境评价与规划所、南开大学泰达膜分离技术研究开发中心、南开大学城市公共安全研究中心、南开大学战略环境评价中心、南开大学清洁生产研究中心、南开大学循环经济研究中心。学院还设有10余个科研平台：环境基准与标准研究平台、生态文明建设研究平台、低碳技术研究平台、水资源保护与水污染控制研究平台、可持续能源环境工程技术研究平台、烟气净化工程技术研究平台、水与污泥处理处置工程技术研究平台、饮用水源地保护与安全工程实验室、石油污染场地修复工程技术研究平台；以及污染场地修复产业技术创新战略国际联盟、复合污染场地修复协同创新平台等。