根据上述职责，区水利局设4个内设机构：

（一）办公室（行政审批办公室）

协助局领导对有关工作进行综合协调和督促检查；负责机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责局机关及所属单位的人事、工资、机构编制、奖惩、培训、专业技术职称评聘等管理工作；负责信访、综合治理、普法教育、计生、档案工作；负责保密、公共关系、提案和议案办复及系统目标管理和行政监察工作；负责机关公共事务和行政后勤管理工作；负责机关离退休干部管理工作；负责系统党务工作和工会、共青团、妇联、民兵工作。

依据国家和省市有关法律法规及规章等相关规定和要求，负责本部门行政许可及其他行政审批事项的受理、审批和办复工作，负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘查、论证、检验、检测、认证、审核、上报等（含年审、年检、收费）相关工作，负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作，负责有关行政审批事项行政应诉工作，负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作程序、工作制度以及行政审批专用章的使用和管理等。

（二）计划财务审计科

组织编制全区水利中长期发展规划、水利基本建设年度计划和水利综合统计；负责监督水利建设资金使用、水利规费收缴和管理；负责局机关的财务管理工作，指导所属单位的部门预算和财务管理工作，负责水利系统的财务审计和经营管理审计；国有资产监督管理；负责局属企事业单位经费收支计划等工作。

（三）水利工程建设管理科

负责水利工程建设和管理工作；负责中型水库、河堤工程日常运行的监督管理，依法保护水利工程；负责水利工程建设招标投标管理工作;负责水库、堤防工程基本建设项目建设管理和竣工验收；负责水政工作，宣传贯彻落实“水法规”和有关方针政策；组织制定地方性水管理办法，研究推进水利体制改革；负责水政队伍建设和执法工作，解决协调水事纠纷，查处水事违法案件；负责水利系统安全生产工作。

（四）农村水利水产科

负责全区农田水利基本建设工作；组织编制全区灌涝区、节水灌溉、供水、人畜饮水、防病改水等工程的规划、设计预算、报批、建设与管理。负责全区农田抗旱工作；负责水产工作，宣传贯彻执行《渔业法》编制水产业区划和制定中长期水产发展规划、年度计划；负责水产工程建设管理，水产管理统计；指导农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理。