根据职责，吉林市地方税务局设13个职能处(室)：

1、办公室

处理局机关日常政务工作，负责文秘、档案、信访、保密、督查 督办、信息．、税收宣传、政务公开及建议提案的办理等工作；制定机关 工作规章制度；负责机关财务管理工作；负责机关行政管理和安全保卫工作。

2、政策法规处

负责全市地方税收政策的调查研究；负责政府各部以及地税内部涉及两个部门以上的涉税文件的会签会办；负责全市地方税务系统，税收行政执法监督检查；受理本市涉及地方税收的行政复议、行政处罚听证、应诉和赔偿工作：负责减免税的政策审核工作；负责税法宣传和普法教育工作；负责各税种规范性文件的审核备案。

3、征收管理处

负责地力税收征管法规及规章制度的实施工作；组织实施征管改革、制定综合性的税收征管办法；负责征管质量考核、税务登记、纳税申报、违章处理、滞纳金、税收资料、税收档案、税收发票的管理；负责各税种征管办法的审核工作；负责个体税收的征收管理工作。

4、财务审计处

负责全市地方税务系统的财务、经费、固定资产和专项资金的管理及内部审计工作。

5、计划统计处

负责编制全市地方税收中长期规划和年度税收计划；负贝汇总分析全市地方税收会计、统计信息数据，调度分析税收计划的执行情况；负责全市经济税源管理工作；负责地方税收票证的管理。

6、流转税管理处

负责营业税、资源税、涉外税收及文化事业建设费的税政和征收管理工作；研究制定所管税种的征收管理办法；处理执行税法和税收工作中的有关事项。

7、所得税管理处

负责企所得税的税政和征收管理工作；研究制定所管税种的具体征收管理办法；负责处理执行税法和税收工作中的有关事项。

8、财产与行为税管理处

负责城市维护建设税、土地使用税、车船使用税、房产税、屠宰税、印花税，固定资产投资方向调节税、土地增值税、遗产税、筵席税以及教育费附加的税政和征收管理工作；研究制定所管税种的具体征收管理办法；负责处理执行税法和税收工作中的有关事项。

9、税收服务处

负责纳税服务规章制度贯彻落实工作；负责规范税务机关和税务人员的纳税服务行为；负责纳税服务热线和外部网站的建设及管理工作；负责全市各级办税服务中心的规范化管理；负责面向纳税人的政务公开工作。

10、人事处

负责全市地方税务系统的干部人事、劳动工资、机构编制管理工作；负责全币地方税务系统领导班子建设；负责局机关离退休干部管理工作，指导直属单位的老干部工作。

11、教育培训处

负责全市地方税务系统思想政治工作、精神文明建设、目标管理责任制工作；负责全市地方税务系统教育培训、基层地方税务所规范化建设、干部职工队伍建设工作。

12、监察室

负责全市地方税务系统党的纪律检查和行政监察工作；协助党组抓好局机关和本系统党风廉政建设工作；负领导干

部廉洁自律、查处违法违纪案件、预防和治理行业部门不正之风工作。

13、机关党委

负责局机关及直属单位党群工作。