根据上述职责，区审计局设5个内设机构。

（一）办公室

负责处理机关日常政务；负责草拟重要文件、会议材料；负责文印、档案、信访工作；负责内部审计监督和内部审计协会工作；负责机关的人事劳资、机构编制、安全保卫、财务和后勤管理等工作；承办人大代表建议、政协委员提案工作。

（二）财政审计科

拟定区本级预算执行和其它财政收支审计工作总体方案；负责对区地方税务局组织征收区级税收情况的审计；负责对国家金库曹妃甸区中心支库办理区级预算资金，收纳拨付情况的审计；负责对区财政局、区地方税务局及其下属事业单位的财务收支审计；负责汇总审计情况并起草区本级预算执行情况的审计工作报告；负责全区财政预算外资金的审计；负责对园区、场镇年度财政决算审计。

（三）行政事业审计科

负责审计与区财政有拨缴款关系的区委机关、区人大机关、区政协机关、区法院机关、区检察机关及其他党派组织、社会团体的财政财务收支；负责审计区政府有关部门、直属事业单位及其下属单位的财务收支和有关专项资金；负责审计区政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计由区政府主管部门管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况的审计；负责对全区扶贫和农业综合开发资金的拨付、管理、使用情况的审计；负责审计区政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；负责审计区政府主管部门管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况。

（四）经济责任审计科（挂经济责任审计领导小组办公室牌子）

负责区经济责任审计领导小组办公室的日常工作，协调全区经济责任审计联席会议；按权限组织实施对全区党政领导干部、区属国有及国有控股企业领导人和依法属于区级审计机构审计监督对象的其他单位主要负责人实施经济责任审计；组织开展相关专项审计调查；指导全区经济责任审计工作。

（五）固定资产投资审计科

对区财政投入的重点建设项目前期、项目预算控制价（标的）审计及工程决算进行审计监督；对造价咨询机构执业质量进行监督检查；组织对其他由国家直接投资、融资建设项目的审计监督；组织对审计署、省审计厅授权的建设项目和施工企业的审计监督；组织对国有施工和房地产开发企业的审计监督；组织对建设项目的建设、施工、勘察、设计、监理、咨询、采购等全过程跟踪审计。