1995年，海洋环境学院成立，挂靠在轮机工程学院，大连海事大学环境科学与工程学科创建。
2000年，更名为环境科学与工程学院，环境科学学科获得博士授予权。
2005年，环境科学与工程学科获得一级学科硕士授予权。
2006年，建立生物化学实验室和海洋生物实验室。
2009年，建立大气检测实验室、水处理实验室、流体力学实验室和大型仪器分析室。
2010年，学校根据海洋环境保护、海洋资源开发和利用的最新发展特点，申请建设新增海洋资源与环境专业。
2012年，环境科学与工程学科获得一级学科博士学位授予权，获得生物物理学和海洋化学等交叉硕士点。
