根据上述职责，宁海县地方税务局设5个职能科室：

(一)宁海县地方税务局计划会计科

编制税收中长期规划，编制、下达年度地方税收计划并执行，分析全县地方税收完成情况；拟订税收计划、会计核算、统计、票证和重点税源监控工作相关制度并组织实施和监督检查；编制有关报表，并组织实施和监督检查；承担全县重点税源企业监控管理和税收票证印制、领发、保管工作；办理延期缴纳税款、退抵税、欠缴税费核销等审批事项；负责代征代扣手续费的审核支付管理工作，管理税收收入数据的指标体系和标准，督促检查税收会计统计数据质量；组织开展税收收入预测、税收收入能力估算、税收经济预警分析；组织实施减免税统计调查等工作。

(二)宁海县地方税务局税政科

负责全县企业所得税、个人所得税、营业税和财产行为税（包括资源税、城市维护建设税、房产税、车船使用税、城镇土地使用税、土地增值税、印花税、教育费附加、地方教育费附加）、文化事业费等税费的政策业务工作；贯彻执行上级有关税收法规和政策；组织开展有关地方税（费）政策调研，完善具体征收管理办法并组织实施；对有关法律法规在执行中的一般性问题进行解释和处理；指导、检查、监督各地法规、政策执行情况；参与税收宣传、纳税辅导等工作；参与各税种收入计划编制、分析收入变化情况；组织实施所得税税收协定的贯彻执行、反避税情报交换、国际税收合作等工作。

(三)宁海县地方税务局征收管理科（纳税服务科）

组织落实综合性税收征管法律法规、规章及规范性文件，制定具体操作办法；探索、深化全县地方税征管改革工作并组织实施；研究提出完善税收征管的建议；组织实施税收征管数据管理和应用办法、综合性纳税评估办法，承办税收征管质量考核、税务登记、纳税申报、普通发票管理、欠税管理、征管档案等工作；牵头重点企业税源监管工作；组织落实个体和集贸市场税收征管工作；负责税收的协税护税体系建设工作；负责指导监督税务师事务所工作；指导国际税收研究会；负责拟订、组织实施全县纳税服务工作整体规划、有关制度和年度工作计划；负责指导、协调、监督和评价全县纳税服务工作，规范和完善纳税服务机制；负责全县地税系统办税服务厅建设标准和服务规范的拟制和检查评价工作；组织协调实施纳税辅导、咨询服务、纳税服务投诉受理和税务外网维护等工作；管理12366 热线；组织实施税法宣传等工作。

(四)宁海县地方税务局行政审批科

负责印花税代售许可；会计从业资格和会计代理记账机构执业资格审批；税务登记办理；契税减免和耕地占用税减免审批；房地产税收一体化管理等工作。

(五)宁海县地方税务局规费科

负责全县基本养老保险费、医疗保险费、工伤保险费、生育保险费、失业保险费、残疾人就业保障金、水利建设专项基金、文化事业费等各类基金（费）的征收管理业务,并指导、检查、监督相关政策的执行情况；负责在全县范围内开展各类基金（费）业务的调研工作，制定具体的征管办法，并组织实施；参与相关规费业务的辅导、培训和咨询服务等工作；做好各项基金（费）的考核机制。