根据上述职责，广元市国土资源局设11个内设机构：
（一）办公室
负责综合协调、文电、会务、接待、机要等机关日常运转工作；承担信息、电子政务、社会治安综合治理、保密保卫、新闻宣传、政务公开、新闻发布、机关效能建设、目标考核和督察督办工作；组织国土资源重大课题调研和机关政务公开工作；承担局机关综合业务与协调处理工作；承担机关固定资产管理和后勤保障工作。
（二）政策法规科
负责研究分析全市国土资源系统信访工作情况；负责接待、处理群众来信来访工作；承办全市国土资源信访事项的复查、复核工作；督查督办重大信访案件，组织承办本级人民政府和上级国土资源管理部门交办的国土资源信访维稳、行政调解事项；协调处理群体性突发事件；负责国土资源政策调研；组织起草全市土地资源、矿产资源规范性文件和综合性政策、办法；承担本部门有关规范性文件的合法性审核工作，承担全市国土资源系统推进依法行政工作的组织协调和管理指导；拟订土地、矿产执法和土地、矿产违法案件查处的有关规定；组织行政处罚案件、行政许可事项的听证工作；组织协调行政复议、行政应诉、行政调解等有关工作；监督检查国土资源法律、法规、规章、政策的贯彻执行情况；指导全市信访、法规监察工作。
（三）耕地保护科
贯彻执行国家耕地保护、基本农田保护、土地整理、复垦开发、农用地转用和土地征收征用等方面的法律法规及政策规定；拟订耕地保护、基本农田保护、土地整理、复垦开发方面的规范性文件并监督实施；承担耕地保护、基本农田保护、土地整理、复垦开发工作；承担耕地保护责任目标和耕地占补平衡考核的有关工作；监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；承担报上级政府审批的农用地转用、土地征收的审查、上报工作，承办报市政府审批的农用地转用、土地征用的审核、报批工作;负责农用地转用、土地征收征用批后实施的监督和备案工作；指导和监督县区耕地保护、土地开发整理和土地征收征用工作。
（四）不动产登记科（地籍管理科）
拟订全市地籍管理政策措施和土地确权、登记、争议调处办法；负责市本级土地确权工作；指导市本级及县区开展土地登记工作；调处跨县区土地权属争议；指导全市各地土地登记资料的整理、共享和汇交管理工作；承担土地调查和指导地籍管理信息系统建设工作。
（五）矿产管理科
承担探矿权审查、上报和管理工作；监督管理探矿权市场；组织全市区域地质调查和矿产资源调查评价；编制地质勘查规划并监督检查执行情况；协助管理省级地质勘查项目，承担地质勘查行业统计和地质勘查成果统计；监督管理矿产资源勘查活动；承担采矿权审批登记发证的管理工作，编制实施采矿权设置方案，承担矿产资源保护和保护性开采的特定矿种、优势矿产的管理事项；管理采矿权市场，依法进行矿权审核、上报登记发证工作；调处矿业权权属纠纷；组织矿产资源调查，依法实行地质勘查行业管理；承担采矿权、探矿权年检工作；承担实施矿产资源储量评审、备案、登记和统计工作；实施矿山储量动态监督管理；承担矿产资源补偿费征收、压覆矿产资源申报和管理事项；承担矿业权评估和地质资料汇交管理工作。
（六）地质环境科
组织协调和监督全市地质灾害防治工作；组织编制全市地质灾害防治规划等地质环境管理专项规划并监督实施；承担监督管理古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的工作，保护矿山地质环境，依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；承担城市地质、农业地质、旅游地质的勘查与评价工作；指导全市地质环境管理工作。
（七）综合规划科
编制实施国土、土地利用、矿产资源等综合规划，组织编制国土资源调查评价、开发、整理、复垦等专项规划；参与编制地质勘查、地质环境、矿山环境保护、地质灾害防治等专项规划，依法指导和审核国土资源相关规划；编制实施土地利用计划和国土资源调查评价计划；承担建设项目用地预审工作；开展全市国土资源经济形势分析，研究提出全市国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全市宏观经济运行涉及国土资源领域问题的研究，承担综合统计工作；研究并拟订有关国土资源的区域、城乡统筹协调、综合利用和循环经济的政策措施；指导全市土地、矿产资源规划工作。
（八）土地利用管理科
承担城乡建设用地和土地市场管理工作；规范土地使用权出让、租赁、作价出资和转让行为；草拟有关土地供应、土地价格、土地资产管理方面的规范性文件并组织实施；承担节约集约用地评价和建设用地分等定级工作；承担基准地价、标定地价等地价管理工作，对土地市场和地价实施动态监测与监管；承担市属事业单位和改制企业国有土地资产处置的审核、报批工作；负责审核市本级国有建设用地使用权招标、拍卖、挂牌出让方案和收回方案；承担改变国有建设用地使用权用途的审核、报批工作；指导全市土地利用管理工作。
（九）行政审批科
承办有关行政审批事项。
（十）财务科
负责机关及直属单位财务管理工作；配合财政部门承担国土资源专项收入征管工作；承担国家和省财政安排有关工作经费、专项资金、基金的管理工作和部门预决算、国库集中支付等机关财务工作；拟订有关财务、资产管理制度；开展县区局主要负责人离任和局属事业单位执行财经纪律的内部审计工作；指导监督全市国土资源系统财务工作。
（十一）人事科
承办机关、派出机构及直属单位的机构编制、人事管理和离退休人员服务管理等工作；按照干部管理权限，承办各县区局国土资源部门领导班子的配备、调整及其领导干部（含相同级别干部）的考察、考核、任免、培训、流动调配、专业技术职称申报、人事档案管理等工作；组织实施教育培训工作；推进国土资源科技进步，组织开展对外合作交流。
（十二）征地拆迁科
贯彻执行土地征收相关法律法规和政策；研究制定全市集体土地征收拆迁补偿标准，审查集体土地征收、补偿、安置方案；受理国有土地使用权收购（收回）事项及实施征地工作的相关事项查询和举报，协调处理土地征收（收购、收回）争议；负责全市集体土地征收情况统计；指导协调跨区域的征地拆迁工作。
机关党委办公室。负责机关党委日常事务。
监察室。为市监察局的派出机构，牌子挂在纪委，负责派驻部门的行政监察职责。
