根据上述职责，广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局设7个内设机构。

（一）广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局办公室。

组织协调分局日常工作，拟订并实施机关各项规章制度；负责分局所属自收自支单位经费开支的审核工作；负责分局基建投资用款计划审核工作；协助分局相关科室（单位）办理各项行政事业性收费及其他税费工作；负责机关并组织指导分局所属各单位有关财务统计的工作。

（二）广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局土地规划和耕地保护科。

负责区级立项建设项目用地预审和国家、省、市立项项目用地预审的初审工作；组织编制和实施辖区土地利用总体规划；指导镇土地利用总体规划的编制工作和预审报批；负责组织编制和实施辖区年度土地利用计划；审核土地开发、垦复、整理项目；负责辖区耕地保护及占补平衡、基本农田保护区的划定和管理以及后备农用土地的开发、复垦、整理等管理工作，核收耕地开垦费。

（三）广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局土地利用管理科。

配合辖区年度土地利用计划的编制和实施工作；负责国有建设用地使用权供地方案的初审上报；负责评估行业监督和管理工作；负责监督管理辖区内城市房屋拆迁工作，负责拆迁补偿安置纠纷裁决工作；负责组织实施辖区矿产资源管理工作。

（四）广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局产权地籍和测绘管理科。

负责辖区土地、房屋权属登记的管理工作；会同侨务等有关部门落实华侨房屋等房屋政策，办理相关事务工作；配合区级立项建设项目用地预审和国家、省、市立项项目用地预审的初审工作；组织实施辖区住房制度改革和住房保障工作。

（五）广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局房地产市场和物业管理科。

负责辖区土地有形市场的建设、完善和监督管理；负责核发商品房预售许可证及商品房预售款的监管工作；负责房地产交易（商品房预售）、租赁、中介市场的监管工作，受理相关投诉案件，规范房地产市场秩序；负责房地产中介行业监督和管理工作；负责房屋安全鉴定、危房治理和白蚁防治的行政管理工作；负责直管房的租赁使用、修缮养护及淘汰复建等监督管理工作；组织房屋安全应急抢险工作。

（六）广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局组织人事科（挂监察室牌子）。

负责贯彻实施党的路线、方针、政策和普法、精神文明建设、宣传报道等工作；负责党建、党务的日常工作；协调组织分局党组中心组理论学习；负责监督、检查、协调、指导分局所属单位的信访工作；负责依法行政的监督检查和协调处理工作；负责分局行政案件的处理、协调、复议和诉讼等工作；负责分局对外公文的合法性审查。

（七）广州市国土资源和房屋管理局番禺区分局执法监察大队。

负责辖区国土资源动态巡查工作；负责查处辖区土地、矿产、测绘违法案件及相关监督检查、行政处罚、行政强制等工作；配合有关部门和司法机关查处违反土地、矿产、测绘管理法律、法规的行为；承办上级交办的土地、矿产、测绘行政执法工作；配合区级立项建设项目用地预审和国家、省、市立项项目用地预审的初审工作；协助辖区矿产资源管理工作。