根据上述职责，市防汛抗旱指挥部办公室设4个内设机构（副科级）：

（一）综合科。

负责组织协调办机关的日常工作；负责文字综合、财务、机要、保密、信访、文书档案、后勤接待工作；负责对外宣传、组织协调防汛抗旱业务培训；负责综合治理、机关内部规章制度建设。

（二）防汛调度科。

负责编制、下发全市中小型水库汛期运用方案；监督实施中型水库的防洪调度，参与实施中型水库的抗旱调度、应急调水；组织制定、编发市内主要江河湖泊防御洪水预案；负责市内主要江河湖泊、防洪排涝工程实时防洪、排涝调度；负责各类防汛安全检查的组织发动，督促处理险工隐患；参与全市防洪规划的编制，全市河道、湖泊、河口、滩地等水域及其岸线的管理和保护工作；负责城市防洪协调工作；负责防洪工程项目可行性研究报告、规划和技术设计的审查工作；协调参与防汛抗旱指挥系统的建设；负责防汛抗旱指挥系统平台的日常维护和管理；负责防汛值班室和防汛会商室的管理；为主提出应急除险水利建设资金分配建议方案，并监督使用落实情况。

（三）抗旱减灾科。

负责抗旱准备的组织和督查；负责全市干旱影响评价工作；掌握、分析全市重点城镇、重点生态干旱监测区旱情、灾情；提出抗旱决策部署和调度意见，指导、监督、落实城市和生态抗旱措施；负责督促和指导全市抗旱服务组织的建设、管理工作；负责全市抗旱规划编制、抗旱应急水源项目建设管理；负责推广抗旱新技术、新措施以及抗旱先进经验；负责洪涝灾害统计、防洪效益分析、防汛工作评价及灾害评估工作；负责收集、整理、分析旱情和灾情；归口管理防汛抗旱报表系统的运用和更新；负责重大险情的上报，督促重大险情的及时处理和重点水毁水利工程的及时修复；为主提出特大防汛抗旱经费分配建议方案，联系防汛抗旱各项经费的申报和下达并监督使用落实情况；负责全市防汛物资器材调度。

（四）应急科。

负责全市山洪灾害防治规划编制、山洪沟治理规划编制及项目建设管理和组织实施工作；负责督促建立健全市防汛组织机构、防汛责任制和抢险队伍；组织指导全市应急抢险专家库和抢险队伍建设，负责重大抢险方案的制定和组织落实；负责小型水库的防汛工作；负责市水利局反恐办日常工作；负责市水利局应急办日常工作。