(1)综合计划科：负责编制住房公积金的归集、使用计划；起草住房公积金归集、使用计划执行情况报告；负责网站监督、管理和上网信息的审核工作，网站建设和维护工作；负责住房公积金管理中心行政、后勤等工作。负责住房公积金规范性文件起草报审工作；负责对本市住房公积金出台的业务操作规范草案提出修改意见。

(2)归集督查科：负责住房公积金的核算；记载职工住房公积金的缴存、提取、使用等情况；负责与委托银行实行电脑联网和住房公积金的查询工作。负责住房公积金的催缴、归集、保值、增值；检查、督促各县（区）住房公积金管理部的工作。

(3)支取贷款科：负责审批住房公积金的提取、使用；办理、审批住房公积金贷款，并负责贷款档案的管理工作。

(4) 惠城管理部：负责全市单位职工住房公积金缴存、提取、使用等会计核算工作；全市住房公积金业务信息的统计及综合分析，定期向监管部门报送业务及管理情况；制定经费支出内部会计工作制度及操作流程，统一管理和拨付市中心本部及各管理部的管理费用；指导、监督、考核管理部、受托银行的会计核算。