1997年3月6日，根据《关于调整新抚、露天、望花区地税局管理体制及市地税局机构编制的通知》（抚编发[1997]4号），正式接收新抚、露天、望花三区地税局，并入相应分局。

1997年12月20日，经省政府批准，全省地税系统实行垂直管理，上级主管部门为辽宁省地方税务局。按照有关文件规定，市地税局正式接收抚顺县、清原县、新宾县、顺城区、抚顺经济开发区、高湾经济特区、胜利经济开发区七个县区地方税务局。垂管后，对内设机构进行了调整，内设14个职能处室，设机关党委1个，直属事业单位2个，下辖13个基层单位。

2000年5月，实施机构改革，对内设机构进行了新的调整，内设12个职能科室，设机关党委1个，局属事业单位3个，下辖12个基层单位。

2002年5月，对内设机构进行了必要调整，抚顺市地方税务局内设12个职能处室，设机关党委1个，局属事业单位3个，下辖11个基层单位。

2006年，为进一步深化税收征管改革，经省局研究决定，对抚顺市地税局机构进行了统一的调整和规范，市局机关内设14个职能处室，设1个机关党委，局属事业单位3个，下辖10个基层单位。

目前，抚顺市地方税务局内设办公室、计划统计处、财务管理处、政策法规处、征收管理处、稽查管理处、流转税管理处、所得税管理处、财产与行为税管理处、纳税服务处、社会保险费征收管理处、人事处、监察处、教育处等 14个职能处室，设机关党委，与教育处合署办公，设监察处，与纪检机构合署办公；设置抚顺市地方税务局稽查局、胜利开发区分局、经济开发区分局3个直属局；下辖新抚区地方税务局、望花区地方税务局、东洲区地方税务局、顺城区地方税务局4个城区分局，抚顺县地税局、清原县地税局、新宾县地税局3个县地方税务局；设置发票管理所、信息中心、机关综合服务中心3个局属事业单位。

抚顺市地方税务局核定编制 915名，核定工勤人员编制72名，核定事业人员编制84名 。