既然抵押权是登记具有如此大的作用，那么，由谁来主管抵押权的登记工作呢？即抵押权的登记机关是谁呢？从世界各国立法例上看，抵押权登记机关的设定，应遵循两大规则：第一、登记机关的司法性质。即登记机关是司法机构而非行政机构。因为抵押权的登记，具有直接决定着当事人的权利义务关第，决定抵押权的设立，具有直接决定着当事人的权利义务关系，决定抵押权的设立、变更和终止的司法意义，所以，各国法律师均把抵押权的登记机关做为司法机构之一。如德国为属于地方法院的土地登记司；日本为司法行政机关法务局、地方法务局及其派出所。第二，登记机关的统一性。即在一国范围内或一个统一的司法区域内，抵押权的登记机关应是统一的，其目的是为了保证抵押权登记司法上的统一性和登记制度的统一性。从我国担保法规定上看，我国抵押权的登记机关，显然与国际上通用的规则不一致。依担保法第42条的规定，我国抵押权权的登记机关均是行政机关且不统一，其至不明确。

第42条规定：“办理抵押登记的部门如下：（一）以无地上定着物的土地使用权抵押的，为核发土地使用权证书的土地管理部门；（二）以城市房地产或者乡镇、村企业的厂房等建筑物抵押的，为县级以上地方人民政府规定的部门；（三）以林木抵押的，为县级以上林木主管部门；（四）以航空器、船舱、车辆抵押的，为运输工具的登记部门；（五）以企业的设备和其他动产抵押的，为财产所在地的工商行政管理部门”。第43条又规定：“当事人以其他财产抵押的……登记部门为抵押人所在的公证部门”。上述有关抵押登记机构的规定，显然存在着极大的缺陷，其缺陷表现在第一，增加当事人进行抵押登记的成本。由于登记机关多头且是依抵押权的标的来划分的，那么如同一债务人就不同的抵押物向债权人提供担保，就会出现设立一个抵押权而分向不同机构登记的状况，无形中加大了当事人的进行抵押权登记的成本，会妨碍抵押登记制度的实行。第二，机关多头导致抵押权登记制度的不统一。从目前看，国家工商行政管理局制定并颁布了《企业动产抵押物登记管理办法》。

显然，这个法规只适用“动产抵押登记”。按此推理，其它标的抵押登记办法，也会由相应的登记部门制定，这样有关抵押权的登记制度，就会出现6个不同的登记制度。第三，登记机关多头，不利于登记公示、警示功能的发挥。这种登记机关的不统一，登记制度的不统一，不利于交易秩序的安全，也不利于抵押权这种担保制度充分发牢固其作用。克服上述缺陷的唯一办法，是统一抵押权登记机关，建立统一的抵押权登记制度。