根据上述职责，县水务局内设6个职能科室。
（一）办公室
负责协助局领导搞好综合协调，对局重要决策和工作进行督办；承办文秘、会务、机要、保密、宣传、档案及节能、计生、安全生产、综治、信访等工作；负责机关内部规章制度建设及安全保卫工作；负责机关和所属事业单位的机构编制、人事、劳动工资和职称工作；负责机关离退体人员的管理服务工作；负责推进、指导、协调、监督本部门、本系统的政务信息公开工作；承担机关事务、后勤服务工作和机关固定资产管理；负责全县水务基建计划的上报、下达、资金调拨与监督工作；负责水务综合统计及事业财务、基建财务统计工作；负责对防汛、抗旱、岁修、小农水等水务专项资金的管理，对水务资金的使用进行宏观调节；负责机关财务管理和所属事业单位财务审计工作，指导全县水务系统国有资产的监督管理和全县水务行业的规划、计划、财务、统计工作；监督全系统国有资产管理。
（二）水政水资源科（政策法规科、节约用水办公室）
负责指导全县水务系统法制宣传教育工作，组织协调水务系统依法行政工作，组织指导水政监察和水行政执法；协调、仲裁跨乡镇水事纠纷，参与有关部门牵头的水法律、法规的执法检查；负责全县河道采砂的管理和监督检查工作；负责水资源管理、配置、节约和保护工作，承办县节约用水办公室的日常工作；组织指导水功能区的划分并监督实施；指导湿地生态补水；负责水权制度建设并监督实施，组织取水许可制度和水资源有偿使用制度的实施和监督；指导水资源信息发布，组织编制全县水资源公报；对全县供排水、污水处理企业实行行业管理，负责编制城乡供水、排水发展规划及年度计划，并指导实施；监管供水企业资质，组织自来水价格的核算；组织审定江河湖库纳污能力，提出限制排污总量的意见；组织地下水资源开发利用和保护工作；指导水利（水务）建设项目环境保护、水利规划环境影响评价工作、负责水务建设项目环境影响报告书预审工作；负责指导乡（镇）污水处理厂建设管理工作。
（三）综合规划与建设管理科
负责组织全县国民经济总体规划、城乡规划中有关水务方面的论证工作；负责组织开展水务各专项规划的编制，组织水务各专项规划的审查、审批和报批手续，协调县有关规划管理部门的工作，处理与水务规划有关的矛盾；组织指导水务行业对外经济、技术合作与交流；指导全县城乡防洪、堤防、水库、水闸除险加固，中小河流治理，供排水等水工程建设、管理及验收等工作；指导全县江河湖库及滩涂的管理与开发；指导水利建设市场的监督管理，负责对本行业勘测、设计、施工、监理、咨询及招标代理机构的资格初步审查和申报工作；组织农村水电电气化工作，对全县开发建设的小水电及地方电网进行归口管理；负责江河湖库等水域、岸线和各类已建水电工程的行业管理；拟定管理和保护河道、水库、湖泊等水域、岸线、水工程的规章制度并监督实施，指导堤防、水库、水闸、供排水工程运行管理与确权划界，组织实施水工程管理单位考核验收工作，组织指导堤防、水库、水闸等水工程注册登记、安全鉴定工作，指导水工程的监测、安全管理和维修养护工作；负责县管水工程管理范围内建设项目审查管理工作，指导水利工程管理体制改革工作；协助县防办编制审批重点堤防、中型及重点小（一）型水库的度汛方案。
（四）农村水利科
负责研究提出全县农村水利的政策和发展规划，组织拟定有关规章制度；指导全县农田水利基本建设和全县农村水利社会化服务体系建设；编制全县提水、引水等水利工程的除险加固、小农水项目建设和水利工程岁修计划；指导农村安全饮水工程建设、农村节约用水和安全饮水工作；负责组织拟定灌区规划，指导灌区改造、节水续建配套以及排涝区和机电排灌建设及更新改造；指导水利血防项目计划申报及工程建设。
（五）防汛抗旱科（新建县防汛抗旱总指挥部办公室）
负责县防汛抗旱总指挥部的日常工作，组织指挥全县防汛抗旱工作；组织编制全县的防洪预案和度汛方案；实施对全县主要江河、中型和重点小（一）型水库以及分蓄洪工程的防汛抗旱指挥调度；组织实施分蓄洪区安全设施的建设和管理；负责收集、报告洪涝、旱灾情，督促检查水毁工程修复，负责提出防汛、抗旱及县级防汛抗旱专项资金的安排意见；管理县防汛机动抢险队；承担局安全生产领导小组办公室的日常工作；组织开展中央和省、市投资的水工程建设项目的稽查，组织调查和处理违规违纪事件。
（六）行政审批服务科
负责建设水工程符合流域规划和河道管理范围内建设项目审查；负责占用防洪规划保留区土地，新建、改建、扩建入河排污口审核；负责河道采砂、取水、河道工程管理保护范围内作业、跨行政区和河道内建设工程、临时占用河道管理范围内滩地，新建、改建、扩建排水设施等许可，核发取水许可证、排水许可证、采砂许可证等证书；负责开发建设项目水土保持方案、防洪影响评价、水资源论证报告、水利工程开工、避洪设施建设及改建、迁移或拆除城乡公共供水设施等审批工作；负责水工程建设项目竣工验收工作。
机关党总支。负责本部门党群工作。
