（一）办公室。负责文电、会务、保密、机要、档案等机关日常运转和综合协调工作。承担督查督办、安全、信息宣传、政务公开、人事、老干部、信访等工作。

（二）政策法规研究处（监督处）。组织依法行政有关问题调查研究，拟订相关政策措施并指导实施。承担有关规范性文件的起草、合法性审核和清理工作。承担行政复议、行政应诉相关工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨师市、兵地、中央驻疆单位水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。

组织兵团水资源费、水土保持补偿费的征收及监督使用。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织协调和推进落实水利行业重要事项的督办工作。组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。

（三）规划计划处（农牧水利水电处、水土保持处）。拟订水利规划，组织编制兵团重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织实施水工程建设规划同意书制度；提出兵团本级水利建设资金、水利前期费规模、方向以及年度安排建议计划；承担水利统计工作。

组织开展大中型灌排工程建设与改造。指导团场连队饮水安全工程建设与管理，指导节水灌溉有关工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、水电增效扩容改造以及小水电代燃料等工作。指导农村水利社会化服务体系建设。承担协调牧区水利工作。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，指导水土保持重点工程的建设工作，组织水土流失的监测、预报；审核大中型开发建设项目水土保持方案并监督实施。承担财务管理和资产管理相关工作。

（四）水资源管理处（兵团节约用水办公室、水旱灾害防御处）。承担实施兵团最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖库生态流量水量管理和水生态保护与修复以及水系连通工作。组织编制兵团水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。

组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布兵团水资源公报。承担跨师市跨流域水资源供需形势分析，指导监督水资源调度、跨师市跨流域调水工程调度管理等工作。指导兵团节约用水工作，推动节水型社会建设工作。指导水文工作，负责水文水资源监测、水文站网建设和管理。对兵团管辖河流湖泊和地下水实施监测、发布水文水资源信息情报预报。按规定开展兵团水资源、水能资源调查评价和水资源承载能力监测预警工作。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要河流和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警及洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。开展水利科技、教育和外事工作，办理国际河流有关涉外事务，指导水利行业外资引进工作。指导水利信息化工作。

（五）水利工程建设处（河湖管理处）。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。指导具有控制性或跨师市跨流域重大水利工程的建设。指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导重要河流干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。负责水利行业工程质量、造价、监理的管理工作。

指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。指导水域及其岸线的管理、保护和水利风景区建设管理工作，指导重要河流湖泊、河口的开发、治理和保护。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。承担水利工程移民管理和后期扶持相关工作。