有机堆肥有着悠久的历史，自古以来我国农村地区就普遍将秸秆、落叶、野草、动物粪便及垫圈料等堆积在一起，进行发酵制成肥料。据古书记载，我国公元六世纪就出现了“踏肥”，即厩肥的生产和利用；1591年就出现了“蒸粪法”，即堆肥的积制利用方法；1633年就开始了“酿粪法”，即沤肥的积制利用方法 。

但是，真正对堆肥技术进行科学的探讨则始于20世纪初。根据美国公用事业协会（APWP）报道，最早的堆肥工程工艺起于1925年的印度，英国的霍华德先生发明了印朵儿法。它之所以成功是因为堆体会像预言的一样可以发热，而且不会腐败。该方法的科学性表现在基质有了配方，另外有了操作的步骤描述。

后来为了促进堆肥的好氧发酵，又提出了被盖洛尔法，即将固体废物和人粪肥分层交替堆积，并使翻堆由一二次改为多次翻堆（堆积4-6月）。

1932年荷兰VAM公司建立了欧洲第一个改良印多尔法的规模堆肥工厂其工艺称为范曼奈发（Van Mannen），是将用水调节后，再室外堆积4-8月（厌氧分解），然后破碎、分选。

1933年在丹麦出现了丹诺堆肥工艺，这是一种运用转鼓进行好氧发酵的方法，特点是发酵周期短，一般只需3-4天。

20世纪70年代以后，许多堆肥工艺不断得到完善，一些新的工艺也被开发出来，如1972-1973年间美国农业部马里兰州的农业研究中心开发的通气静态堆工艺，也称贝特斯维勒（BELTSVILIE）工艺。该工艺再美国得到了广泛的应用，1990年有超过76座设备在运行 。