依据《七定方案》，中心内设机构为：1、办公室（首问服务科、住房公积金管理委员会办公室）；2、计划财务科；3、归集执法科；4、信贷管理科；5、信息技术科；6、审计稽核科；7、市区营业部；中心党总支；纪检监察室。具体如下：
一、办公室（首问服务科、住房公积金管理委员会办公室）
承担市住房公积金管理委员会日常的会议筹办和决策事项督办等工作；协助中心领导处理日常工作；组织协调有关科室草拟住房公积金管理的政策、法规；负责起草、审核、印发中心行政管理的文秘事务；负责中心党组和行政会议决定事项的督办及重要活动(会议)的组织安排；负责中心和分支机构的人事、劳资和机构编制工作；负责机关经费年度预(决)算的编制与执行；负责中心网站的日常管理与对外数据信息的发布，社会相关信息的收集、整理、上报工作；负责机要保密、政务信息、档案管理、印鉴管理、计划生育、安全保卫、信访、创建、节能降耗、固定资产等管理工作；承担相关新闻宣传和新闻发布工作；负责本系统突发公共事件应急管理工作。
对来访、来电、咨询或业务办理单位和人员实行首问负责制，全程进行协调服务；给予办事人员明确的的介绍、答疑或指引服务，一次性告知相关办事程序；协调相关科室按照程序和承诺办结时间进行办理并全程跟踪督导；对当事人反映问题、请办事项的处理结果或意见归档保存。
二、计划财务科
编制住房公积金的归集、使用计划以及执行情况的报告；负责市本级和分支机构住房公积金的财务管理和统一核算；拟定住房公积金增值收益分配方案；负责住房公积金及其他住房资金的保值；负责各项业务综合报表的统计、编报工作;负责中心经济运行分析；负责中心财务印鉴和重要空白凭证的保管工作；负责各类会计档案的立卷、上年及当年会计档案的保管工作；负责对银行《洛阳市住房公积金金融业务委托协议书》的签定工作；负责城市区参加房改单位公有住房出售资金及其他住房资金的核算和管理。
三、归集执法科
负责执行住房公积金年度归集计划及制定相应落实措施;负责制定并组织实施住房公积金归集业务工作规定和操作规程;负责对住房公积金欠缴单位的催建、催缴、执法;负责单位缴存登记及职工住房公积金帐户设立的审核;承办单位住房公积金缴存基数、缴存比例的核定及缓缴手续的审批;负责单位住房公积金缴存银行等基础信息的管理;负责对分支机构归集业务的指导、培训;负责住房公积金归集业务数据的综合分析;负责职工涉及归集事项的投诉接待和处理；负责住房公积金联名卡的管理；负责城市区单位公有住房资金使用的审核。
四、信贷管理科
负责住房公积金贷款政策的拟定和宣传；负责执行住房公积金信贷年度工作计划；负责住房公积金贷款的发放和管理工作；负责贷款业务流程的制订、培训、管理和组织实施；负责对合作项目的现场勘察和项目合作协议的签订工作；负责对担保公司、受委托银行办理住房公积金贷款业务的协调、监督、检查工作；负责对分支机构住房公积金贷款业务的指导、培训工作；负责住房公积金贷款报表的汇总编报、情况统计、运行情况分析；负责逾期贷款的催收和风险资产监管工作。
五、信息技术科
负责编制中心信息化建设中长期发展规划；负责中心信息化建设项目方案的制定与组织实施；负责中心信息化管理相关规章制度的拟定、组织实施与监督检查。承担中心公积金业务系统、办公自动化系统、网站系统相关硬件与网络的日常管理、维护工作；对住房公积金业务合作单位信息数据交互工作进行管理;负责信息技术资料档案的管理与电子数据信息的安全管理；负责信息化设备的调配、维护、使用的管理；负责中心工作人员的信息化技术培训工作；参与中心信息化设备采购方案的制定及设备的政府招标采购与验收。
六、审计稽核科
负责制定内部审计工作制度，编制审计工作计划及实施方案；负责组织制定内部控制评价标准，组织实施住房公积金内部控制评价和风险管理；负责对住房公积金计划、预算执行情况和资金运用、财务收支、会计核算等实施内部审计和监督检查；负责对住房公积金政策、法规、制度执行情况和系统数据管理进行监督检查，并对内部业务管理中的违规、违章事件实施核查；负责组织各业务部门对受托银行承办委托事项的监督检查和考核工作；负责组织对信贷资产保全制度、办法进行内控评价及贯彻执行情况的监督检查，并参与贷款呆账核销管理工作；负责配合上级审计部门的审计及整改落实工作；负责对中心中层领导及重点部位人员的离任经济责任审计工作；参与中心年度考核办法的修订和考评工作。
七、市区营业部
负责城市区职工住房公积金和住房补贴的登记开户、缴存信息的变更、汇（补）缴等业务的录入；负责审批办理住房公积金和住房补贴的提取和转移业务；负责住房公积金个人贷款初审以及签订住房公积金借款合同；负责住房公积金相关柜面业务的会计核算工作；负责住房公积金相关政策的咨询解答和业务查询工作。
八、洛阳铁路分中心，偃师管理部、栾川管理部、嵩县管理部、汝阳管理部、伊川管理部、洛宁管理部、宜阳管理部、新安管理部、孟津管理部、吉利管理部
分支机构依据市住房公积金管理中心的授权，负责本辖区内职工住房公积金的归集；审批、办理住房公积金提取；负责住房公积金贷款的受理和初审；负责住房公积金政策的宣传解答、业务查询等。
中心党总支
负责中心机关和分支机构的党群工作。
纪检（监察）机构按有关规定设置。
