中心内设机构及岗位职责设置如下：
中心主任：主持中心的日常工作，做好上情下达和组织协调工作，负责中心行政管理和思想政治工作，承办上级交办的其他工作。
中心副主任：开展生态公益林建设、管护、监督管理、生态效益监测等工作，并做好检查、督促指导，抓好工作落实；负责审理各类制度及文书；协助主任做好中心的日常工作；组织完成上级交办的其他事项。
综合科：主要职责包括文秘、劳资、人事、宣教、财务、党务、行政档案、单位内勤及外联。
工程管理科：主要职责包括草拟有关规章、规程、办法等；项目实施方案编制；公益林调整审核管理；协助做好生态公益林及其它林业生态工程实施过程中各环节的管理；相关的科技管理。
监测评估科：主要负责生态公益林管护成效的年度监测，生态公益林生态状况监测及评价的组织实施。承担相关的信息化开发管理及档案数据管理。
