负责供水工作、监测水库的水质、审定水域的纳污能力、提排污总量意见、拟定节约用水政策、编制节约用水规划、制定有关标准、指导全市节约用水工作、负责全市域内主要河流、水库及有关水域工程管理，对其实施监督；指导组织全市河流、水库水利工程防洪安全管理工作；负责河道采砂管理；负责防汛抗旱指挥部日常工作；统一控制全市水利、水电设施的水量，对全市水利基本建设实施行业管理，制定全市机电井、防病改水、节水、农田水利、水土保持、水利社会化服务建设等工作。下设人秘股、财务审计股、水利工程管理股、农田水利建设股、水土保持五个职能股。下属单位有：东方红水库管理处（副科级）、联丰水库、星火水库、东边水库、燎原水库、东方红灌区、水利采石场、水利工程队、水利排灌物资公司9个单位。

海伦市水务局紧跟市委市政府的发展战略和中心工作，提高对“三农”的服务意识，充分利用国家惠农政策，大力开展水库工程消险、防洪除涝、工程项目、水行政执法和人畜饮水工程建设，取得了很好的社会效益和经济效益，真正使人民群众得到实惠，并得到了市委市政府的充分肯定和社会各界的认可，连续多年被评为：

全省水土保持先进集体，绥化市 “保持党员先进性教育活动”先进单位，海伦市委市政府大目标管理先进单位、干部队伍建设工作先进党委、宣传工作先进党委、基层组织建设先进集体、年度目标考核工作先进单位、 “端正政风行风、优化发展环境”最佳单位、信访工作先进单位等荣誉称号。