根据上述职责，市水务局设5个职能股：

一人秘股 股长：张晓霞

负责会议组织、文电管理、信访信息、秘书事务等和机关日常政务以及机关财务管理，联络接待、安全、保密、保卫等行政事务，负责机关综合协调督察督办和调研工作，负责机关内部规章制度建设并组织实施；负责机关、直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、科技职称和局管干部管理工作；制定并组织实施水利系统教育、培训规划，提高水利行业职工队伍建设。

二财务审计股 股长：孙会杰

负责水务财务管理，指导水利行业财务会计管理，筹措水利建设基金，指导监督局直属单位，水务系统财务工作和国有资产评价工作；负责国家及省水利提出项目和局直单位领导离任审计工作。

三水利工程管理股 股长：吴国军

负责全市主要河、水库及有关水域、水工程的管理与保护；组织指导河、水库水利工程的防洪安全管理；负责对全市水库大坝安全实施监督管理；负责河道采砂管理工作（负责重点水利水电工程竣工验收工作，负责水利勘测设计管理工作。主管全市水利水电工程建设的招标投标，质量监督、建设监理工作）。负责组织全市防汛抗旱指挥部的日常工作；按照市人民政府防汛抗旱指挥部的指示，统一控制和调度全市水利、水电设施的水量。

四农田水利建设股 股长：李庆东

对全市水利基本建设进行行业管理制订全市农村水利建设发展规划并组织实施，组织指导全市机电井，防病改水旱田节水用水等农村水利工作，指导农田水利基本建设，农村节水和水利社会化服务体系建设工作。

五水土保持股 股长：潘景才

负责全市水土保持工作，贯彻执行国家和省有关水土保持的法律法规、方针政策；制订全市水土保持工程措施规划并组织实施；组织水土流失监测；协调处理因水土流失危害造成纠纷和重大赔偿责任问题。负责组织全市防汛抗旱工作，承办市人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作，按照市人民政府防汛抗旱指挥部的指示，统一控制和调度全市水利、水电设施的水量。