深圳市住房公积金管理中心根据业务发展及工作需要，设立内设部门8个，即：综合管理部、政策法规部、计划财务部、信息技术部、归集管理部、贷款管理部、审计稽核部和事务受理部；按行政区划设立3个管理部，即：福田、宝安、龙岗管理部。各部门职责如下：
（一）综合管理部：负责中心各类工作制度建设并组织实施；负责拟订中心的工作计划、工作规划和总结；负责中心领导政务活动安排及重要活动的组织工作；综合协调中心的公文收发、保密、宣传、会务、调研及文化建设工作；负责中心的机构编制、人事、绩效、薪酬、培训、外事及档案管理等工作；负责中心纪检监察、党务、群团、工青妇工作；负责行政、接待、后勤服务、固定资产及车辆管理和安全保卫工作；协调、服务于中心各部门。部门负责人张心放。
（二）政策法规部：负责起草、修改、报批本市住房公积金政策法规，提出相应的立法计划；负责相关专业法律法规的宣传教育和法规资料的收集、编撰；负责中心系统的普法教育；负责中心发布的规范性文件法律审查；负责国内住房公积金理论与实践进展情况的动态分析；负责中心合同文件的法律审查；制定行政执法规则、组织缴存执法，为催建催缴提供法律保障；提出本市住房公积金制度的发展规划；组织听证、参加行政复议和行政诉讼。部门负责人谭建明。
（三）计划财务部：负责中心财务管理工作，执行国家有关法律法规、规章和财经财务制度；负责住房公积金资金计划管理、调度及保值增值；制定财务工作的有关规章制度和业务工作流程；研究分析经济运行及财税金融政策发展变化态势，及时提出改善资金运营的方案；编制住房公积金年度收支预算及预算执行情况报告；编制住房公积金财务收支预决算报告、拟定增值收益的具体分配方案；负责住房公积金的统一核算，办理住房公积金呆坏帐核销的申请；编制经费预决算、财务报告；编制相关统计报表；负责中心财务管理和银行帐户的设立及管理工作；负责会计档案立卷、整理、归档、移交工作。
（四）归集管理部：拟订住房公积金的归集、提取管理具体政策标准，了解分析国内归集政策调整情况并适时提出政策修改建议；负责拟订本市住房公积金归集、提取业务办理指南、操作规程，并适时调整；编制住房公积金的归集计划及计划执行情况报告；拟定归集扩面的具体方案和工作规则；组织实施住房公积金年度调整、催建催缴工作；指导和协调各区管理部的归集和提取业务；指导和监管受托银行的归集和提取业务。部门负责人肖开满。
（五）贷款管理部：拟订住房公积金个贷管理具体政策标准，了解分析国内贷款政策调整情况并适时提出政策修改建议；负责拟订本市住房公积金贷款业务办理指南、操作规程，并适时调整；编制住房公积金贷款计划及计划执行情况报告；负责组织实施住房公积金个人贷款的审核发放工作；负责住房公积金个人贷款的统计报表、信息处理、动态分析等相关业务；指导和监管受托银行住房公积金个贷业务，建立个人住房公积金贷款信用体系；负责住房公积金贷款逾期催收；协调、指导各区管理部的贷款业务工作。部门负责人万中沛。
（六）审计稽核部：拟定内部控制制度、风险管理制度及规则；参与中心制度和业务规程的设计并对制度的完备性和风控点提出建议；对中心财务预、决算资金计划、归集、提取、贷款计划及其执行情况进行审计；对内部控制制度、风险管理等项目进行审计；对各管理部及受托银行是否按法规规定办理住房公积金各项业务进行全面稽核；负责制定对受托银行的考核方案和规则；牵头组织考核受托银行承办的公积金业务；对发现的违法违规行为提请法规部门查处。部门负责人王新建。
（七）信息管理部：负责中心信息化建设规划及年度计划的编制、报批和组织实施工作；负责编制信息化项目预算；负责中心信息化建设与及相关规章制度的拟定、组织实施与监督检查；负责中心计算机信息管理系统的建立、维护、管理和安全防范工作，确保系统正常运行与安全，保证系统数据的安全性、完整性及正确性；负责中心计算机及配套设备的选型和招标采购方案的拟定和实施；负责公积金门户网站和网上业务的技术支持及中心职工计算机技能的培训工作；组织信息技术调研，及时掌握信息技术发展动态，反映信息工作情况，提出改进工作的意见和建议。部门负责人林亨贵。
（八）事务受理部：负责拟订和完善住房公积金信访、咨询、服务规范和制度；负责处理单位及职工的来信来访事项；受理并答复网站和热线电话咨询；受理和处理网站、热线电话接到的投诉举报；负责咨询、投诉信息的统计和综合分析；负责中心各管理部咨询服务的培训工作；负责指导各区管理部的信访和投诉工作；负责专办员培训、政策宣讲以及其他企业单位的专题讲座。部门负责人李爱民。
（九）各区管理部：负责住房公积金各项业务的具体操作和办理；落实执行中心的各项规章制度和工作安排；按照深圳市住房公积金相关政策规定负责管理部辖区内的住房公积金业务办理、需经中心审批后办理业务的收转工作；配合相关业务部门执行催建催缴和缴存执法工作；负责公积金贷款业务的资格初审工作；配合相关业务部门对辖区内受托银行办理的住房公积金业务进行指导和监管，配合审计稽核部门考核委托银行承办的住房公积金业务；负责行政区域内住房公积金咨询、查询，回复信访投诉；配合中心相关业务部门提出业务操作系统的优化需求并按照中心规章制度做好管理部的行政公文、固定资产管理、宣传工作。福田管理部部门负责人：谷山。宝安管理部部门负责人：韦自龙。龙岗管理部部门负责人：石强。
