根据上述职责，区水利局设2个职能科室。
（一 ） 办公室。组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、档案、信访、政务公开、安全保密、维护稳定、应急管理、综合性文稿的起草、局机关和所属单位的党务群团、人事管理及离退休人员的管理服务等工作 ； 编制区级水利部门预决算，提出水利财政预算资金安排建议 ； 承担区级水利资金及水利国有资产监督管理工作 ； 负责局机关财务管理和会计核算工作 ； 指导局所属单位财务管理工作。
（二 ） 综合业务科 （挂水政科牌子）。负责查处涉水违法事件，调处辖区内水事纠纷；指导水利行政许可和普法宣传工作；承担相关行政应诉和行政赔偿等工作。组织编制水土保持规划并监督实施；组织实施水土流失综合防治和监测；承担开发建设项目水土保持方案的审核、监督实施和水土保持设施的验收工作。负责库区移民管理工作；负责全区渔业生产等工作。
