玉树州住房和城乡建设局设4个内设机构：

（一）办公室。

负责机关文电、会务、机要、档案、信息、统计、政务公开、督查督办、安全保密和信访工作；负责机关财务和国有资产管理；承办行政复议和行政应诉工作。

（二）住房建设与保障科。

拟订并组织实施住房建设规划和年度计划；指导全州保障性安居工程建设；拟订全州经济适用住房和廉租住房规划和相关措施并监督实施；负责住宅和房地产业行业管理，拟订住房建设、开发、交易、物业管理、房地产评估制度并监督执行；指导城镇土地使用权有偿转让和开发利用工作；指导规范全州房地产市场；承担全州住房公积金监督管理，承担住房维修基金的管理和使用；协调城建项目各项工作。

（三）城乡规划与建设科。

拟订全州城市规划、村镇规划和市政公用事业发展规划，并监督实施；参与土地利用总体规划的审查；管理城市建设档案；指导和管理全州城市和村镇建设，改善人居环境；指导监督城市供水、燃气、热力、市政设施、园林、绿化、市环境治理、城镇污水处理设施和管网配置建议。监督执行规范建筑市场各方主体行为、房屋和市政工程项目招投标、施工许可、建设监理、合同管理、工程风险管理的规章制度；监督执行建筑企业、建设监理单位资质标准；监督各类工程建设标准定额的实施和工程造价计价；拟订地方建筑工程质量、建筑安全生产和竣工验收备案的配套制度并监督执行；参与重大工程质量安全施工的调查处理。

（四）建筑节能与科技科。

提出建筑节能发展规划和建议并组织实施；承担建筑节能新技术、新材料和新工艺的推广应用；承担本州节能建筑的验收认定。