组织编制综合性环境功能区划和环境保护规划，审核专项环境功能区划和环境保护规划。组织实施环境保护目标责任制。组织审核城市总体规划和其他部门规划中的环境保护内容。负责提出环境保护领域固定资产投资规模和方向、国家财政性资金安排的意见，审批、申报国家规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，并配合有关部门做好组织实施和监督工作。负责国家重大环境保护项目、能力建设项目、基本建设项目等的组织实施和监督管理工作。审核派出机构、直属单位固定资产投资项目。组织实施国家环境监测网和全国环境信息网能力建设。组织协调相关固定资产投资项目竣工验收。管理并监督基本建设、政府采购（招投标）工作。管理环保项目进出口减免税工作。组织编报、审核汇总、批复预决算。负责国库集中支付、国有资产、住房制度改革等管理工作。承担部机关财务管理、各项经费会计核算和资产管理工作。审核报批环境保护系统收费项目和标准。负责归口联系西部开发、中部地区崛起、振兴东北老工业基地、扶贫、治乱减负等工作。负责环境保护经济体制改革工作。组织参与宏观经济形势分析工作。组织编制利用外资计划。负责绩效考评和内部审计工作。