根据上述职责，瑞金市招标投标中心内设3个职能机构。

瑞金市招标投标中心工程建设科

负责依法办理工程建设项目（包括基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公共安全的项目；全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金项目；省人民政府规定的必须进行招标的其他项目）的招标投标交易业务；负责提供有关法律法规和信息咨询服务；负责协助处理工程建设项目招标投标活动中产生的纠纷。

瑞金市招标投标中心交易科

负责依法办理经营性国有土地使用权招标、拍卖、挂牌交易业务；负责提供有关法律法规和信息咨询服务；负责协助处理土地交易活动中产生的纠纷等。

瑞金市招标投标中心政府采购科

负责依法办理政府采购业务；负责代理采购纳入集中采购目录的政府采购项目，依据市财政局下达的政府采购计划进行政府集中采购活动；负责采购人委托采购未纳入集中采购目录的政府采购项目；负责提供有关法律法规和信息咨询服务；负责协助处理政府采购活动中产生的纠纷。