根据上述职责，甘南州住房公积金管理中心内设5个科室、8个管理部。

办公室

负责中心政务、党务和人事管理工作，抓好中心政治文明、物质文明、精神文明建设；负责中心党务会议、主任办公会议等各类会议的组织安排，对有关会议决议、决定进行催办、督办和落实。负责中心日常起草文件、公文处理、印鉴管理、保密信访、文秘综合、机要文档、信息收集、工作调研等综合工作；负责中心行政财务、费用支出工作；负责中心固定资产、车辆、办公用品的配购与管理；负责协助中心党组织做好队伍建设，以及工作人员岗位职责的制订、修改、实施、检查落实工作；负责中心干部管理、工作人员管理、人事调配、劳动工资、福利待遇、人事工资报表统计等工作；负责协调上下内外关系，对外联络，做好上情下达、下情上报工作；负责中心各科室、各管理部、各委托业务银行之间的业务协调、互动交流沟通和配合进行住房公积金行政执法监督检查工作；负责制订、修改、完善及组织实施中心各项规章制度；负责贯彻执行国务院《住房公积金管理条例》，落实州管委会的有关决议和决定；负责制定中心年度工作计划；督导各科室、各管理部积极完成年度工作目标任务；负责中心机构编制以及干部考察、培养、考核、鉴定、选拔、交流、任免、奖惩的组织实施工作；完成中心领导交办的其他工作任务。

计划归集科

负责全州住房公积金归集工作，制订归集工作具体规定、措施并组织实施；负责中心年度住房公积金归集使用计划的编报、调整、下达、组织实施工作，承办中心归集使用计划执行情况的《公报》发布工作；负责贯彻执行国务院《住房公积金管理条例》，加大宣传力度，依法监督检查单位和职工住房公积金缴存情况，查处违纪违规违法行为；负责控制审批职工住房公积金支取工作；负责住房公积金缴存基数和缴存比例的年度审核、调整、实施工作，以及审批和办理住房公积金缴存单位降低缴存比例和缓缴申请；负责对各管理部开展的归集业务进行监督、指导、培训、管理和对各委托业务银行归集业务进行协调、管理、指导和监督工作；负责住房公积金归集业务数据库及操作平台的规范操作，做好网络管理、维护、升级工作，保证各项业务数据备份存储和业务操作人员的技术培训工作；负责做好全州住房公积金归集业务中长短期发展规划的制定工作，并对住房公积金归集现状和存在的问题定期进行分析，开展工作调研、业务咨询和信息反馈，提出解决方法和措施；负责按月及时统计、汇总、编报中心住房公积金归集统计报表；负责日常住房公积金缴存开户登记、变更、注销工作，发放职工住房公积金有效凭证，以及职工住房公积金帐户的转移、封存等工作；负责做好住房公积金归集业务档案资料管理工作；完成中心领导交办的其他工作任务。

信贷管理科

负责全州住房公积金个人贷款工作，制订住房公积金个人贷款工作具体规定、措施并组织实施；负责编报中心年度住房公积金个人贷款计划并组织实施；负责审核和办理住房公积金个人贷款业务，对各管理部、各委托银行住房公积金个人贷款业务进行管理、指导和监督；负责对住房公积金逾期贷款的认定、清理和催收，监督、检查各管理部逾期贷款的清理回收工作；负责住房公积金个人贷款业务档案资料的收集、整理、立卷、归档、保管工作，对各管理部住房公积金个人贷款档案开展定期或不定期检查、指导；负责按月及时统计、汇总和编报中心住房公积金个人贷款统计报表，对住房公积金个人贷款风险盈亏能力进行预警分析，做好贷前资格审查、贷中资信调查、贷后还款督查和住房公积金个人贷款业务综合分析及前瞻性发展调研，信息反馈上报工作；负责定期检查、监督住房公积金个人贷款专款专用和回收情况，提出并落实各种风险防范措施；负责住房公积金个人贷款业务数据库及操作平台的规范操作，做好网络管理、维护、升级工作，保证各项业务数据备份存储和业务操作人员的技术培训工作；完成中心领导交办的其他工作任务。

会计稽核科

负责全州住房公积金会计核算工作，制订会计核算具体管理办法并监督实施；负责贯彻执行财政部《住房公积金会计核算办法》，对各管理部、各委托银行进行定期监督和检查；负责住房公积金三级帐户的建立，住房公积金计息、年度职工利息结算和《公告》工作；负责中心管理费用和固定资产的核定工作；负责住房公积金会计档案和有关资料的整理、归档、保管工作，健全各种登记簿，做好业务印章和原始凭证的管理工作；负责各种对外报送的财务报表的汇总和编报工作；负责住房公积金会计核算业务数据库及操作平台的规范操作，做好网络管理、维护、升级工作，保证各项业务数据备份存储和业务操作人员的技术培训工作；接受和配合财政、审计、监察部门的检查和监督；负责监督、指导、管理各管理部、各委托银行的会计核算工作，提出会计人员合理调配使用意见建议；完成中心领导交办的其它工作任务。

执法监督检查科

负责全州住房公积金归集、管理、使用情况的行政执法监督检查工作，制订执法监督检查工作具体规定、措施并组织实施；负责全州违纪违法违规使用挪用住房公积金的追缴清收工作；负责接受和办理住房公积金管理信访、投诉、举报等案件，组织行政处罚，参加行政复议和行政诉讼，申请人民法院强制执法，管理和组织中心的对外法律事务工作；负责贯彻执行建设部、财政部、中国人民银行、中国银行业监督管理委员会《住房公积金行政监督办法》，组织协调各科室、各县管理部做好综合执法监督检查工作，负责中心住房公积金管理地方性政策、办法、规定的调研、起草、修改、拟订工作，并监督、检查贯彻执行情况；监督各缴存单位贯彻落实住房公积金制度情况和各管理部执法情况；完成中心和领导交办的其他工作任务。

6、合作管理部、碌曲管理部、玛曲管理部、夏河管理部、迭部管理部、舟曲管理部、卓尼管理部、临潭管理部工作职责

在州中心授权下，负责本县市行政区域内住房公积金的归集、管理和使用。负责编制和向中心报送本县市管理部住房公积金归集使用计划，积极执行和完成中心审批同意的年度住房公积金归集使用计划分解任务，并报告计划执行情况；负责审核职工住房公积金的支取和转移；负责受理职工住房公积金个人贷款申请，以及贷款的初审、贷后还款管理、逾期贷款清欠催收；负责住房公积金的催建、催缴和归集拓面工作，记载职工住房公积金的缴存、支取、贷款等情况；在中心委托的国有商业银行开设住房公积金专用帐户，办理住房公积金归集、支取、个贷、对帐、查询等业务，提供住房公积金政策咨询；负责对管理范围内的住房公积金定期进行会计核算、内部审计和稽核；完成中心领导交办的其他工作任务。