（一）甘南州水利水电基本建设工程质量监督站

主要职能：贯彻有关水利水电工程建设质量管理的方针、政策和规范标准等有关规定。管理全州水利水电工程的质量监督监测工作,按照程序对在建、拟建水利水电工程办理质量监督手续。依照有关规定进行工程建设质量评定,提出建设质量等级建议,参加建设工程阶段验收、初步验收、竣工验收,提出质量评定报告。监督水利工程质量事故的处理。负责全州水利水电工程创优和优秀施工、优质工程的评审工作。掌握全州水利水电工程质量动态和质量监督工作情况,并定期报告;开展水利水电工程质量检查活动,组织培训质量监督人员。

（二）甘南州水政监察支队

主要职能：宣传贯彻水法律法规、规章和政策。负责查处本行政区域内影响较大、情节较重、案情较为复杂及跨县市的水事案件和同级政府或省水政监察总队交办的其他案件。依法对辖区内的水资源管理、水工程管理、河道管理、水土保持管理、水文、防汛、抗旱设施管理进行执法监督检查;对违反水法规的行为做出裁决、处罚决定或采取其他处置措施。受主管局的委托,依法办理直接管理范围内的取水许可。监督检查县市水行政主管部门水行政事业性收费的征收、管理和使用情况。指导和监督检查各县市水政监察大队工作,负责全州水政监察人员的培训工作。负责全州各级水政监察队伍水政监察证件。标志、服装、装备及其他执法设施的规范化管理。配合协助公安、司法部门查处水事治安、刑事案件。完成主管部门交办的其他工作任务。

（三）甘南州水土保持总站

主要职能：承担《中华人民共和国水土保持法》及其相关法律法规、政策的贯彻落实、宣传教育工作。负责组织开展全州水土保持中长期发展规划、水土保持专项规划、区域规划、治理方案的编制工作,组织开展全州水土保持建设项目前期工作。负责全州水土保持治理工程项目的考察论证、技术审、工程实施等工作。负责全州生产建设项目水土保持方案技术审查,水土流失状况调查和水土保持生态建设工程的监测预报。负责编制全州水土保持生态环境监测规划并组织实施,管理全州水土保持监测网络,组织开展水土流失动态监测。负责开展全州水土流失普查、重点区域水土流失及重大水土流失灾害事件调查统计。负责开展生产建设项目水土保持监测工作及监测成果的鉴定,为生产建设项目提供水土保持监测技术指导。负责全州水土流失防治、水土资源综合开发利用与保护、小流域综合治理技术支撑,生产建设项目水土保持技术推广应用工作。负责全州水土保持、监测业务培训及数据统计工作。承办上级业务主管部门交办的其它事项。

（四）甘南州水利技术综合服务站

主要职能：宣传贯彻国家和省、州水利水电工程建设与管理方面有关方针政策和法律法规。编制饮水安全、农田水利、牧区节水灌溉、河道整治、水资源开发、永土保持、防洪等水利建设发展规划。负责对全州水利工程建设和工程运行管理提供技术服务,指导县级水利技术综合服务站开展水利设施的日常管理和维护。负责全州农业、工业、生活用水、节水措施的组织实施，水利科技成果转化和先进适用技术(产品)引进、试验、示范和推广。参与全州抗旱防汛、抢险救灾及各项水利建设综合技术服务工作。