烟气在进入反应器之前要先加入氨气，然后在反应器中用电子对烟气进行照射，电子束发生装置是由电压为800kV的直流高压电发生装置和电子加速器组成。电子加速器产生的电子束通过照射孔对反应器内的烟气进行照射时，电子束的高能电子能将烟气中的氧和水蒸气等分子激发，使之转化成氧化能力很强的OH、O和HO2等游离基，这些游离基使烟气中的硫氧化物SOx和氮氧化物NOx很快氧化，产生了中间产物硫酸和硝酸，它们再和预先加入反应器中的氨反应产生硫酸铵(NH4)2SO4和硝酸铵(NH4NO3)化肥。最后，烟气通过另一电除尘器将副产品硫酸铵和硝酸铵粉从烟气中分离出来。由于烟气的温度高于露点，因此在烟气通过烟囱排放到大气之前不需再热。
