园艺工程系是聊大农学院最早建立的系部之一，设有全日制园艺、园林两个本科专业，校级重点学科---园林植物与观赏园艺硕士点和园林规划设计研究所隶属园艺工程系。主要培养具有扎实文化基础、理论基础和专业技能，能胜任果树、蔬菜、花卉生产、经营、管理、栽培养护，风景区、城市绿地及各类城市园林公园的总体规划，园林建筑设计，园林工程设计，园林植物景观设计，园林植物繁育、栽培、养护管理及园林工程施工和监理等高级应用型专门人才。

园艺工程系现有在职教师29人，其中正副教授17人，兼职教授4人，具有博士学位教师8人，具有硕士学位教师16人，形成了一支充满生机和活力的教学科研队伍。设有果树学、蔬菜学、观赏植物、土壤肥料、遗传育种、园林规划与设计、园林计算机辅助设计和园林制图等8个实验室和园林规划设计研究所。拥有植物生理学、土壤肥料学和花卉学等三门聊城大学校级精品课程。2007年建成4000平米现代化的连栋温室，温室内拥有热带、亚热带跨多个生物气候带植物种类，逐步建成集教学、科研、科普和观光于一体的植物生态园，新建成日光温室和蔬菜大棚3500平米等校内实习基地和7处校外实习基地，为加强学生的专业实践和创新能力提供了坚实的、丰富的、高水平的硬件设施，保证了实验、实习、实践环节的教学，形成了以培养学生厚基础、宽口径、强能力为重点和注重实践及创新能力培养的特色；园艺工程系职业技能鉴定站，能够承担园艺、花卉、园林绿化和景观设计等高级职业资格证书的鉴定工作。

园艺工程系长期坚持走教学、科研、生产相结合的道路。积极组织师生投身科研实践，承担了国家、省及地方科研和技术推广课题20多项，获省、部级科技进步奖6项。在实习基地选育的‘奥冠红’梨优良品种通过山东省科技厅科技成果鉴定和山东省林木良种审定委员会审定，已经进行了区域性的推广；园林规划设计研究所所长邱艳昌副教授选育的园林绿化用植物新品种‘聊红槐’，已在园林绿化中推广应用，并获山东省科技进步三等奖。