PHA只能在细胞体内合成。许多蛋白参与了PHA 合成、保持、降解和其它相关的代谢途径。因为PHA 在细菌体内存在为细胞质内不连续的包涵体,许多蛋白位于PHA 包涵体的表面。
由于PHA 合成酶的关键作用,其作用机制和性质对细菌合成PHA 的类型是非常重要的. 不过因为很难获取羟基脂肪酸辅酶A 和高纯度的合成酶,对合成酶的底物特异性研究一直面临困境. 虽然合成酶底物特异性由其本身的生理环境决定的,但是还可以用分子手段来研究在其它环境中的情况。
合成途径包括：糖酵解途径; TCA 循环;脂肪酸B氧化途径; 脂肪酸生物合成起始途径; 脂肪酸生物合成延长途径; 其它相关途径。
