1988年3月成立舟山市住房制度改革领导小组。1992年8月建立舟山市住房基金管理中心，与舟山市住房制度改革办公室实行二块牌子一套班子1997年9月撤销舟山市住房制度改革领导小组，成立舟山市住房委员会，1999年9月舟山市住房基金管理中心更名为舟山市住房资金管理中心，同时增挂舟山市住房公积金管理中心，实行二块牌子一套班子，行政隶属舟山市城建委，负责全市住房制度改革及住房资金（公积金）的管理。2003年7月，撤销舟山市住房资金管理中心，设立舟山市住房公积金管理中心。2014年2月，根据《中共浙江省委办公厅、浙江省人民政府办公厅印发<关于创新浙江舟山群岛新区行政体制的意见>的通知》（浙委办发[2013]57号），舟山市住房公积金管理中心为市政府直属的相当于副县（处）级事业单位，参照《国家公务员法》管理。
