（一）办公室

协助局领导处理机关政务，协调机关事务；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访等工作；负责机关行政后勤工作。

（二）规划科

组织编制全市交通基础设施（公路、水路、港口、城市公交、地方铁路）建设和交通运输发展规划、年度计划并组织实施；负责交通行业重点基本建设项目的前期论证、审查及后期评价工作；指导交通建设的招投标工作；负责交通行业统计、预测和信息引导工作；指导交通企业改革。

（三）财务审计科

拟订全市交通行业财务、会计、审计工作的规章和规范性文件并监督执行；负责交通规费的综合管理；负责交通建设资金的筹集、使用和监督管理；审查交通行业自筹基本建设资金来源和利用外资工作；负责直属单位财务与会计工作的监督管理；按规定对交通专项资金进行审计监督。

（四）政策法规科（行政审批科）

负责交通政策规章的调研、起草并监督、检查实施工作；负责交通行业行政执法监督检查和行政复议工作；负责交通系统行业行政审批工作；负责交通系统综合治理、普法、国防教育、政务公开等工作。

（五）人事科技科

负责局机关及直属单位的机构编制和人事、劳动工资管理工作；负责交通行业职业教育和技术培训工作；负责地区交通科研技术成果推广、科研奖励申报、质量管理成果申报、审核等工作;负责全地区交通信息化建设管理工作。

（六）组织宣传科

指导局直单位的组织建设、领导班子建设；负责离退休干部管理工作；负责宣传教育及思想政治、精神文明建设工作；负责局直单位共青团管理工作。

（七）港政管理科

起草辖区内港口规划并组织实施；负责港口建设项目前期工作的审核、报批，负责港口岸线审核；负责组织协调港口工程竣工验收工作；负责港口公用基础设施建设、维护和管理的相关工作；负责港口信息收集、统计、发布和管理；负责港口与相关部门之间的协调和对外协作交流。

（八）口岸综合科

负责口岸工作计划的编制、组织实施和检查指导工作；负责统计、上报口岸生产、查验等各项工作数据；负责口岸开放和关闭审查报告并组织落实；编制口岸法制建设计划并组织实施，检查督促各查验单位的执法工作；组织共建文明口岸活动和文明窗口建设。

（九）口岸管理科

负责口岸的年度、月份运输计划平衡工作，组织港区集疏运工作和路、港、贸的协作配合；协调解决口岸各单位之间的矛盾；编制仓储行业发展规划，并对仓储运输企业实施管理；督促检查口岸查验单位的执法和服务工作；检查相关涉外纪律的执行情况；会同有关部门做好口岸综合治理工作；负责电子口岸管理工作；协助办理口岸开放和关闭的审批，落实相关工作；审批落实外贸船舶进入非监管区事宜，参与新开国际航线的规划、开通及管理工作。

（十）安全监督科（应急办公室）

承担和综合协调全市交通系统安全生产监督管理工作;拟定交通系统应急预案并监督实施；依法组织或参与有关事故调查处理工作；指导局机关及直属各单位的内部安全生产和消防工作; 承担市交通系统突发公共事件应急管理委员会办公室日常工作。

纪检委与监察室合署办公，行使纪检和行政监察两种职能。

工会负责交通系统的工会工作。

机关党委负责机关党群工作。