根据上述职责，通海县住房和城乡建设局机关设7个内设机构。
（一）办公室
负责办文办会、综合协调、督办检查等机关政务工作；负责电子政务、机要、信息、安全、保密、政务公开、信访、档案、综治维稳、后勤服务等工作；负责协调办理人大代表建议和政协委员提案；拟定住房和城乡建设行业的发展规划；拟定住房和城乡建设资金年度计划、行业技术改造计划、利用外资计划；管理局信息统计工作；负责局机关及直属单位国有资产管理、日常财务及财务统计、财务核算工作；承担局机关和直属单位的人事及机构编制管理事项；负责局机关和直属单位的党群工作和机关离退休干部工作。
（二）行政审批股（城市综合管理股）
负责行政审批制度改革、行政审批业务办理和行政审批事务的综合协调工作；承担住房和城乡建设局行政许可事项和管理服务事项的统一收件、办理、送达和审核上报工作；协调和管理通海县住房和城乡建设局政务服务工作。负责住房和城乡建设法律法规宣传教育及普法工作；指导、监督行政执法工作；负责规范性文件合法性审查工作；承担行政复议和行政诉讼工作。
依据有关法律、法规和规章规定，组织开展城市市容和环境卫生管理、市政公用设施管理、房产管理、城市规划管理等方面的城市管理、建筑市场管理、建筑质量及安全管理等综合行政执法工作。
（三）住房和房地产管理股
贯彻执行国家房地产业、房地产市场监管、城镇住房建设和保障性安居工程建设的政策和措施；拟定全县住房建设和保障性住房建设的发展规划、年度计划及相关政策措施并组织实施；负责住房保障、房地产行业管理工作；负责房改配套政策的监督落实；指导城市危险房屋管理工作；指导保障性安居工程建设工作，会同有关部门申报和安排保障性安居工程建设资金并监督实施。负责住宅室内装饰装修活动的管理和物业管理的行业管理工作；负责房地产市场的监督管理，规范房地产市场秩序；指导城镇土地使用权有偿转让和开发利用工作；执行相关住房制度政策。
（四）建筑市场监管股
研究制定全县建筑业发展政策和规划，负责全县建筑行业管理和体制改革工作；指导监督标准定额、招标投标工作；拟订规范建筑市场各方主体行为、招标投标、施工许可、建设监理、合同管理、工程风险管理的规章制度并监督执行；负责建筑工程施工许可管理；负责各类房屋建筑及其附属设施和市政设计、建设工程的抗震设防管理；负责震后应急抢险的相关工作；参与震灾调查和经济损失评估；参与组织实施震后恢复重建工作；对农村民居地震安全工程进行监督管理；承担建筑工程质量安全监管的职责。
（五）人民防空管理股
负责城市新建民用建筑防空地下室的规划和项目报建审查，并按照国家有关规定负责防空地下室的设计审查、质量监督和竣工验收质量认可；负责指导重要经济目标单位制定防护措施、应急方案并监督实施；配合参与抢险救灾和应对突发事件的有关工作；组织开展战时城市人民防空袭斗争；指导城市地下空间的开发利用；负责建设人民防空指挥、通信、警报和信息系统，为防空提供保障；开展人民防空宣传教育，普及防空知识，提高群众防护技能。承担通海县人民防空办公室的日常工作。
（六）城乡规划建设股（名城保护管理股）
负责组织宣传贯彻实施《中华人民共和国城乡规划法》及省、市、县颁布的有关城乡规划管理实施办法。研究拟订通海县城乡发展的方向和目标，草拟有关城乡规划的行政规范性文件；组织和指导通海县行政区域内的城镇体系规划、城市规划、镇规划、乡规划和村庄规划、专项规划等规划的编制、报批，并对城市规划区域内实施管理，根据城乡发展情况，适时组织调整和修订有关规划;负责通海县行政区域内的建设项目规划管理工作。
指导全县建制镇、集镇和村庄的建设管理工作；拟订村镇建设的发展计划和政策，并指导实施；指导农村住房建设、危房改造；指导小城镇和村庄基础设施建设及供水、污水、垃圾处理设施建设；组织农村居民建房通用设计图的设计和推广；指导村镇统一开发、综合建设、房地产管理和市容环卫与绿化工作；负责小城镇建设的统筹协调工作和重点镇、特色小镇、旅游小镇的认证申报工作；指导重点镇、特色小镇、旅游小镇、传统村落、新农村建设；负责村镇建设业务统计工作。
与所在乡镇（街道）、村共同承担历史文化名城（名镇、名村）保护和监督管理的有关工作。负责制定我县历史文化名城保护中长期规划；配合乡镇（街道）开展历史建筑的建档和管理工作；拟定历史城区历史建筑的保护和修缮计划；负责历史城区建设项目的审查；争取国家和省、市对名城保护的资金投入；配合街道协调解决历史城区历史建筑权属纠纷等。
（七）市政公用事业和园林管理股
拟订城市建设和市政公用事业的中长期规划、产业政策、改革措施；组织贯彻执行地方性法规和技术标准；指导和监督管理城市市政公用和园林绿化的规划、建设、运营安全及工程质量；指导和监督管理城市计划用水、节约用水、市容环境、路灯、燃气运营等工作；指导市政公用和园林绿化特许经营管理；负责城市市政公用设备、设施运营安全监督管理；协调旅游业务部门开展风景名胜区的监督管理工作；创建省级园林县城等工作。
