根据上述职责，市水务局设6个内设机构。

（一）办公室（纪检监察室与其合署）

负责文秘档案、政务信息、保密保卫、重大会议组织、宣传和信访工作；组织起草重要报告、综合性文件；负责办理人大、政协建议、意见、提案和议案工作；承担局系统人事、机构编制、劳动工资、劳动保护、社会保险等工作；组织编制全市水利职工教育规划及年度计划，并组织实施；指导全市水利队伍建设。

纪检监察室负责局系统党风廉政建设工作，落实党风廉政建设责任制，协调、监督开好党内民主生活会；负责本系统纪律检查和行政监察工作，查处或配合有关部门查处局系统内有关违反党纪、政纪的案件。

（二）财务科

编制水利部门预算；承担机关财务管理和水利建设资金的拨付工作；承担全市水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；指导本系统财务管理、会计培训和内部审计工作。

（三）水利管理科

组织编制全市水利发展战略、中长期发展规划及年度计划；组织编制水利综合规划和专项规划，组织和拟订全市水中长期供求规划；参与编制有关全市国民经济总体规划、城市规划及建设项目的防洪论证工作；组织拟订全市和跨地区、跨流域水资源年度及长期供求计划、水量分配方案，并监督实施；编制审查工农业及国民经济各部门年度用水计划；负责工农业生产和城乡生活用水的调度并监督实施；管理农村水利、人畜饮水、乡镇供水、病区改水等工作；拟订有关规章制度和改革方案；拟订全市生活用水及污水利用、排放指标；拟订全市水利科学技术发展规划，组织水利技术引进和示范推广；负责全市水利系统的技术合作；指导全市水文工作；负责库区移民工作。

（四）水政水资源科（挂市节约用水办公室牌子）

研究提出水利方面的方针政策；负责全市水政监察和水行政执法工作；协调部门和跨地区间的水事纠纷；组织水法规宣传和节水检查工作；负责有关行政诉讼、行政复议和普法教育工作；负责全市水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收工作；按照有关水法规审批办理工业和城镇生活年取水量在100万立方米以上、不足500万立方米，农业年取水量在500万立方米以上、不足2000万立方米的取水许可；发布水资源公报；组织拟订水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作；指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作；组织、指导和监督节约用水工作和节水型社会建设工作；拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准；核定全市工业、生活用水定额；负责节水新技术、新工艺、新设备和节水型卫生洁具的推广工作；贯彻执行水土保持方针政策，负责水土保持法律、法规、行政规章及有关规范性文件的贯彻实施；负责勘察、调查、评价全市水土资源及水土流失现状；编制全市水土保持总体发展规划、中长期规划、重点项目规划和年度计划，并组织实施；负责全市水土保持预防保护、生态修复等工程的监督管理工作；负责开发建设项目水土保持方案的论证审查和监督实施等工作；负责水土保持宣传教育、技术推广和培训工作；负责水土流失监测预报。

（五）水权管理科

承担水权确权工作和水权转让的组织实施、监督管理工作；负责转让水权的确认和转让资格审定；负责发布水权交易供求信息；负责对水权转让的监管，维护良好的水市场秩序；负责协调转让水量的调配和输送；负责监督转让水量的计量；负责建立健全水事纠纷协调仲裁机制，协调解决水权转让中出现的各种矛盾和问题。

（六）农村电力科

指导全市农村水能资源开发工作，拟订全市农村水能资源开发的政策、技术标准和规程规范并组织实施；组织开展水能资源调查工作，负责水能资源信息系统建设和水能资源调查成果的管理；指导农村水电体制改革，指导水电农村电气化和小水电代燃料工作。