有些增强子位于启动子上游，有些位于下游，所以绝缘子的效应并不取决于绝缘子同启动子的相对位置。因此，对绝缘子效应的方向性的原因还没有真正弄清楚。目前已发现有两个基因座以反式活化方式影响绝缘子的功能。基因S2J(Hw)编码的核蛋白识别绝缘子，绝缘子同其结合后才有绝缘作用。当该基因突变后，尽管y基因座中插入了绝缘子，但失去了绝缘作用，y在所有组织中都表达。另一个基因座是mod(mdg 4)，该基因发生突变后，其效应正好与Su(Hw)相反，即这些突变型都增强了绝缘作用，使绝缘子的绝缘效应不再有方向性而得到扩展，也就是阻断了上游和下游两侧的增强子的效应。有一种解释认为先是Su(Hw)同绝缘子DNA结合后，使绝缘子有绝缘效应。mod(mdg4)同Su(Hw)结合，使绝缘子失去绝缘效应；突变的mod(mdg4)不能同Su(Hw)结合，于是绝缘子又增强了绝缘作用。
