办公室

负责综合协调机关日常工作；负责机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责秘书事务、文书档案、公共关系、提案和议案办复、信访、保密、保卫工作；负责办公自动化工作；负责机关公共事务和行政后勤管理工作。

行政审批办公室

依据国家和省市有关法律法规及规章等相关规定和要求，负责本部门行政许可及其他行政审批事项的受理、审批和办复工作；负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘查、论证、检验、检测、认证、审核、上报等（含年审、年检、收费）相关工作；负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作；负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作制度、工作程序及行政审批专用章的使用和管理等工作。

规划计划财务处

组织编制全市水利、渔业发展规划及专项规划；组织编制大中型水利基本建设项目建议书和可行性研究报告并承办审查工作；组织编制水利年度投资计划建议；负责水利统计工作；负责监督水利建设资金使用、水利规费收缴和管理；负责局机关部门预算和财务管理工作及对所属单位相关业务的指导工作；负责协调审计部门对局机关及所属单位的财务审计工作。

水政水资源处（市节约用水办公室）

负责拟订全市水利法制建设规划，指导并监督水行政执法和水政工作；协调处理和依法仲裁县（市）、区和部门间的水事纠纷；承办行政复议和普法教育工作；负责全市水资源的统一配置、规划、管理和保护工作；负责全市地下水行政管理和城市规划区地下水资源的管理、保护；组织实施水资源费征收制度和取水许可制度；拟订跨地区的水量分配方案；指导全市计划用水、节约用水和城乡供水的水资源规划工作；拟订全市年度取水、供水、节约用水计划并组织实施；组织水功能区的划分和审核江河、湖库等水域纳污能力；指导监测江河、湖库、地下水的水量、水质，并提出限制向引水区等水域排污总量的意见；指导入河排污口设置与管理；指导和监督全市供水水源地保护工作；组织水资源开发利用技术论证和水利建设项目环境影响评价工作；组织编制全市水利、水产科学技术发展规划；组织水利、水产科研和推广工作；组织拟订全市水利、水产技术质量标准并监督实施；组织全市水利科技教育和培训工作；组织指导全市水利信息化工作；协调全市水文工作。拟订节约用水政策，制定有关标准；组织指导用水定额的管理工作；组织实施建设项目节水设施“三同时”管理制度；指导节水器具的推广，监督节水设施的安装和使用；指导和推动节水型社会建设。

农村水利处

负责组织指导全市农田水利基本建设工作；组织编制灌、涝区规划及节水灌溉、农村饮水安全、城镇蔬菜水利等专项规划；负责农田水利工程设计的审查和建设项目的监督管理工作；指导农田水利工程的管理及全市水土保持工作；指导农村饮水安全、节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理。

建设与管理处

负责拟订全市管理和保护河道、水库、湖泊等水域、岸线、河堤、水闸的规章制度、技术标准并监督实施；负责水利工程建设的招投标管理工作；负责水库、江河堤防、城镇防洪工程基本建设项目建设管理和竣工验收；指导水利工程建设的质量监督；负责水库、江河堤防工程日常运行的监督管理，依法保护水利工程；监督管理全市水利建设市场；负责水利工程勘察设计、施工、监理行业的监督管理；指导水利工程建设项目及运行管理的执法监督；负责全市水利行业安全生产工作。

渔业处

拟订全市渔业发展的政策、规划、计划并组织实施；指导渔业标准化生产和健康养殖；负责渔业水域生态环境和水生野生动植物保护；组织水产品质量安全的监督管理；指导水生动植物的防疫检疫和病害防控工作；负责渔业执法、监察和渔政队伍建设工作；组织、指导渔业基础设施建设与管理；指导水产技术推广和水产品加工流通；协调处理重大渔事纠纷；承担水产综合统计，发布水产信息；承担渔船检验和渔政、渔港监督管理职责。、

党委办公室

负责本系统的政治思想工作和精神文明建设、党建工作；负责所属单位领导班子建设和领导干部管理等工作；指导系统工会、共青团、妇联工作；负责局机关及所属单位的干部人事、工资、机构编制、奖惩、培训、专业技术职务评聘等管理工作;负责机关离退休干部管理工作，指导本系统老干部管理工作。

纪律检查委员会(监察室)和机关党总支按党章和有关规定设置。