长江水利委员会长江下游水环境监测中心成立与于1978年，原名“长江水源保护局南京水质监测站”，1993年9月7日，经长江水利委员会党组长党(1993)46号文《关于重庆等监测站更名的通知》决定，更名为长江水利委员会长江下游水文水资源勘测局暨长江水利委员会长江下游水环境监测中心。
长江下游水环境监测中心行政归口水利部长江水利委员会水文局，业务归口水利部，是具有法人资格的处级科研事业单位。本中心位于长江之畔的南京市，经过多年的建设，中心已建成实验室用房416 m，其中恒温面积70 m，拥有仪器设备100余台套。本中心技术人才密集，全中心在职人员9人，其中具有高、中级专业技术职称7人，初级技术职称2人。1995年首次取得国家计量认证合格证书，2000和2004年相继通过复查评审，取得国家计量认证合格证书。
