中心内设办公室、归集科、信贷科、财务科四个职能科室，下设三个公积金业务经办网点，即太和县管理部、阜南县管理部、颍上县管理部。其前身是于1992年经原地区编委批准设立的阜阳地区住房资金管理中心，隶属于地区房改办。

2002年10月，国务院对住房公积金管理机构进行调整后，与阜阳市房产局（房改办）分离。2002年11月27日，经省机构编制委员办公室审核，批准单独设立住房公积金管理机构，即阜阳市住房公积金管理中心。

中心是在阜阳市人民政府领导下受阜阳市住房公积金管理委员会委托，执行国务院《住房公积金管理条例》并对全市住房公积金政策和业务进行管理和指导的事业单位，其主要职责有：负责对市行政区域内的住房公积金的管理实行统一决策，统一管理，统一制度，统一核算。

具体为：编制、执行住房公积金的归集、使用计划；负责记载职工住房公积金的缴存、提取、使用等情况；负责住房公积金的核算；审批住房公积金的提取、使用；负责住房公积金的保值和归还；编制住房公积金归集、使用计划执行情况的报告；承办市住房公积金管理委员会决定的其他事项。