根据上述职责，市环境保护局设9个内设机构。

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担机关财务、保密、保卫、人事、机构编制、计划生育等工作；承办环境保护目标考核及表彰工作。

（二）污染物排放总量控制科

执行主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；提出总量控制计划；考核总量减排情况；承担全市环境统计和污染源普查工作。

（三）环境影响评价科

承担全市规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；指导全市建设项目的环境管理工作；负责环境影响评价机构的业务指导和监督，对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地方，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目环境影响评价文件工作。

（四）污染防治和科技科

拟定全市水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等污染防治管理制度并组织实施；组织实施排污申报登记、跨县（区）界河流断面水质考核等环境管理制度；组织拟定全市有关污染防治规划并对实施情况进行监督；组织拟定全市环境保护科技政策；负责编制环境保护科技发展规划；组织环境保护重大科技攻关和实施技术示范工程；参与指导和推动循环经济与环保产业发展。

（五）政策法规科

组织拟定全市环境保护意见和规范性文件，指导、协调全市环境保护法制建设；组织开展环境保护执法检查；承办机关行政复议、应诉及赔偿工作；参与重大环境违法案件的调查处理；组织实施全市环境保护宣传教育工作；负责信访和公众举报。

（六）自然生态保护科（农村环境保护科）

拟定全市自然生态保护规划并监督实施；提出新建和调整各类自然保护区、生态功能保护区审批建议；指导、协调、监督全市自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；组织开展生物多样性保护、农村生态环境保护工作；开展全市生态状况评估；协调和监督生态破坏恢复整治、野生动植物保护、湿地环境保护等工作；指导农村土壤污染、畜禽和水产养殖污染防治工作。

（七）规划财务科

组织编制全市环境功能区划、环境保护规划;协调、审核环境保护专项规划;审核城市总体规划中的环境保护内容;负责全市环境保护专项资金的申报、监管；负责环境保护对外交流与合作。

（八）辐射环境管理科（环境监测科）

承担全市核事故与辐射环境事故应急工作；对全市电磁辐射、核技术应用、射线装置和伴生放射性矿产资源的开发、生产、销售、储存、使用中的污染防治以及放射源退役后的安全和防护实施监督管理；负责市管辐射建设项目的环境管理工作；组织实施环境监测制度和规范；组织开展全市环境监测；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警；承担市环境监测网和全市环境信息网的有关工作；承担发布全市环境质量状况的有关工作。

（九）行政审核审批科

负责本部门行政审核审批工作。

纪检（监察）机构和机关党组织按有关规定设置。

四、人员编制

五、其他事项

（一）水污染防治与水资源保护的职责分工。市环境保护局对水环境质量和水污染防治负责，市水利局对水资源保护负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立局际协商机制，定期通报水污染防治与水资源保护有关情况，协商解决有关重大问题。市环境保护局发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。市水利局发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与市环境保护局协商一致。

（二）所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。