1、驻马店市环境监察支队

职责：贯彻执行国家和地方环境保护的有关法律、法规、政策和规章；负责对辖区内排污情况进行监督检查，组织实施对污染防治设施运作情况、建设项目“三同时”执行情况、限期治理项目完成情况及污染物排放情况进行现场监督检查，并对环境违法行为进行现场调查取证；负责自然生态、农村生态环境监察工作；负责辖区12369环境举报电话的受理与查处工作；负责排污申报登记和排污费的征收管理工作。

2、驻马店市环境监测站（驻马店市环境应急监测中心、驻马店市环境信息中心、驻马店市辐射和固体废物管理中心）

职责：贯彻执行《中华人民共和国环境保护法》及有关环境监测的法律、法规、标准、技术规范和管理制度。承担国家、省、市下达的环境监测任务。承担本市辖区内所有污染源（含机动车污染源）的排污状况监督监测和污染源在线自动监控数据比对监测及管理工作。负责环境统计及环境质量日报、周报、月报、季报、年鉴、年度和五年度环境质量报告书的编制工作。负责环境质量监测网和污染源监测网的业务组织和协调工作，负责市管建设项目和限期治理项目环保设施的竣工验收监测。负责本市跨县环境污染纠纷的技术仲裁，负责辖区内污染事故和突发性污染事件的应急监测工作。负责全市生态环境质量调查、生态环境监测、生态保护技术研究和生物指标的监测分析。负责环境质量公报、城市环境综合整治定量考核中的有关指标监测，以及排污收费、排污申报、排污许可等环境管理制度实施中所需污染源排污数据的核实和监测工作。负责全市核安全与辐射环境安全和固体废物管理监测工作。承担其它环境管理和环境执法中的环境监测任务。为社会提供环境监测技术咨询、技术服务和委托性监测分析。

3、驻马店市环境保护研究所

职责：从事环境标准、技术标准及环境管理、经济对策的研究；从事环境工程设计、工艺试验与区域环境规划、预测的研究；负责科研及建设项目的环境影响评价工作；负责污染治理技术开发、研究及推广应用。