1982年10月，教育部领导在安徽合肥“稻香楼”召开了教育部部署高等工业学校教育研究协作组预备会议；11月，《高等工程教育研究》编辑部设在华中工学院，由华中工学院代管。

1983年，《高等工程教育研究》正式创刊，先在内部发行。1月，在清华大学“200号”举行“协作组”第一次会议，何东昌部长到会指导并发表讲话；1983年1月~1991年7月，主办单位为“协作组”。

1985年，《高等工程教育研究》公开出版、发行。

1986年，该刊以季刊稳定发行。

从“学报”1991年第3期起，主办单位为“协作组”和“研究会”。

1994年11月，“学报”主办单位改为“研究会”和“重点大学协作组”。

1998年11月，中国工程院成立教育委员会。中国工程院教育委员会决定，参与《高等工程教育研究》的主办工作，将《高等工程教育研究》作为中国工程院教育委员会会刊。

1999年，中国对报刊实行属地管理，华中理工大学（华中科技大学）成为《高等工程教育研究》四个主办单位之一；从“学报”1999年第1期起，主办单位为中国工程院教育委员会“研究会”、“重点大学协作组”；从“学报”1999年第3期起，主办单位改为华中理工大学、中国工程院教育委员会、“研究会”、“重点大学协作组”。

2002年，该刊刊期由季刊变更为双月刊。

2014年12月，《高等工程教育研究》入选原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。