根据上述职责，市水利局机关设10个职能科室。
(一)办公室
协助局领导组织机关日常工作，完成和督促检查局党组、局长办公会和局务办公会议决定的事项，对各科室工作进行综合协调；负责局重要文件、报告的起草和重要会议的组织及公文秘书、档案保密、来信来访、机关基本建设、房地产和公共资产管理、行政后勤服务等事务；负责水利综合统计、水利政策调研和冬春季农田水利基本建设进度统计等工作；负责行业新闻宣传工作；负责人大、政协两案办理；负责机关保卫和局属单位综合治理。
(二)水政水资源科
负责全市水利行业政策、法规性措施的拟定、体制改革和水利、水土保持执法工作；组织全市水资源的监测工作，负责全市城乡水资源的统一管理；保护和节约用水、城市供水水源规划工作，按规定归口管理河道、湖泊和水工程排污的有关工作，负责实施取水许可制度和水资源费征收管理制度；会同有关部门制订全市供水中长期计划、年度计划和跨县市区的水量分配方案，并监督组织实施，归口协调县、市、区之间和部门之间的水事纠纷，承办水行政案件的复议工作；会同有关部门搞好水利血防工作，负责水利结合灭螺工程项目的申报，并组织实施；归口管理水利公安。
(三)计划财务科
组织编制全市水利发展战略、总体规划、流域规划、中长期规划、年度工程计划，调查研究相应的投资政策和落实措施，综合审查专业工程，会同有关科室组织重点水利水电工程项目的立项审查和申报；指导全市水利系统的财务、会计管理，研究制订全市水利系统各项经济调节措施，组织筹措水利建设资金，审查编报水利事业经费预算及资金的使用管理，负责水利基本建设资金的拨付及管理，负责全市水利系统国有资产的监督管理和局机关及局直属单位的财务管理。
(四)政工科(挂离退休人员管理科的牌子)
负责局机关和直属单位的干部选拔、考核、任免、管理及党群、人事、机构编制、劳动工资工作；管理劳动保护、保险、福利工作，配合有关部门做好专业技术职务评聘和工人技术等级考评工作；负责水利系统出国人员的选派、政审工作和干部、工人及劳动工资统计年报、人事档案管理工作；负责贯彻落实离退休人员管理工作的方针、政策和局机关离退休人员的管理服务工作，指导、协调局直属单位离退休人员的管理服务工作；负责本系统政治思想教育宣传工作，指导市水利水电学校工作；归口管理全市水利职工培训工作，负责本行业精神文明建设。
(五)建设管理科
对全市水利工程建设进行行业管理，组织和协调重点水利工程的建设；负责全市水利建设项目招标工程的行业管理，并组织或直接参与重点水利建设项目的招投标工作；组织研究解决全市水利工程建设管理中的重大疑难技术问题，负责全市水利行业的质量监督管理和水利工程建设的监督工作，提出重大工程质量事故的处理方案，会同有关部门组织重点建设项目的市级审查、申报、验收；负责本行业施工企业资格和工程设计资格的审查和申报工作；协调有关科室负责技术监督管理工作。
(六)农村水利科
主管全市农村水利、乡镇供水和农村饮水工作；编制全市农村水利建设的规程规章及市内五大河流、华阳河流域(黄冈境内)综合治理与开发的规划和计划，负责项目的审查和申报并组织实施；组织指导全市农村水利建设和农村水利社会化服务体系建设，负责农村节约用水工作，管理和指导全市乡镇水利站工作；负责组织本行业科技攻关和科技成果推广；负责冬春季农田水利建设情况联系工作。
(七)水土保持科
负责全市水土保持的管理工作，贯彻有关法律、法规，制订管理规程规章，编制水土保持综合治理规划和计划，负责项目的审查和申报；组织水土保持重点治理区的工作，指导重点预防区、重点监督区的工作；组织小流域综合治理试点并负责推广工作，指导全市水土流失的动态监测、预防，负责水土流失调查、防治和指导水土保持的科学研究、专业培训工作；协调水土流失综合治理。
(八)水库管理科
归口管理全市10万方以上水库工程和万亩以上水库灌区、灌溉试验站，制订管理规程规章；编制水库及渠系加固、灌区配套工程的规划和计划，负责项目的审查和申报并组织实施；质量监督管理和工程验收工作；配合有关部门组织水库防汛抗旱调度工作和组织制订大型、中型水库汛期调度运用方案及审查、申报汛期控制运用计划；指导水库工程管理单位对水库大坝开展监测、维修、养护及白蚁防治等工作，对水库大坝安全实施监督管理；负责组织水库供水工程建设，协调水库水源供求矛盾；负责库区移民和库区扶贫工作。
(九)农电科
归口负责全市地方水电站及其小电网和农村水电电气化县的行业管理；负责全市水电工程项目的审查和申报并组织实施；拟定全市水电发展规划、年度计划和中小河流水能资源开发规划；编制全市湖区(不含分蓄洪区、滞洪区)、机电灌排区建设的规划、计划和规程规章，负责其项目的审查和申报并组织实施，指导全市湖区、机电灌排区和机电排灌站的建设和管理；配合有关部门制订湖泊防洪排涝调度方案和排涝工作，会同有关部门负责湖区电力排水泵站的经营管理工作，协调地方水电与大电网的关系。
(十)综合经营科
负责全市水利经济工作的行业管理；负责贯彻执行国家和省市有关经济工作的方针政策，研究制定全市水利经济的发展规划和年度计划；会同有关部门提出全市水利产业经济改革和水利产业结构调整意见、建议和方案，指导全市水利产业结构调整和资源的优化配置；归口管理水库渔业，会同有关部门搞好水库渔政管理工作；指导全市水利工程绿化、水利旅游工作；负责全市水利系统安全生产；归口管理局直单位经济工作，指导局直企业的改革和发展。
