黄山梅最早发现于日本。1888年8月9日日本植物分类学家矢天部良吉在伊予国爱媛县石锤山首次采集到开花期的黄山梅标本；1890年10月吉永虎马又在同一地方采集到果实期的黄山梅标本，模式标本。1890年，矢天部良吉在日本刊物《植物学》杂志上以英文形式正式首次发表黄山梅这一新属新种，定名为Kirengeshoma palmata Yatabe。人们最初认为黄山梅是日本四国地区的特产，不过后来在纪伊半岛和九州也相继发现。1935年，日本东京大学植物分类学教授中井猛之进在朝鲜半岛全罗南道的白羊山又采集到黄山梅，记载为Kirengeshoma koreana Nakai。另外，1978年鹿儿岛大学教授初岛住彦，按照远藤正喜在大分县祖母山上游溪谷采集的标本，又发表了Kirengeshoma suffruticosa Hatusima。

但是，经过研究发现，上述两植物都是黄山梅种下的变异类型，因而与黄山梅归并，成为黄山梅的异名。