保护级别：该物种列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN）等级：无危。
保护措施：已在安徽歙县清凉峰、黄山及浙江临安县西天目山设置自然保护区，对黄山梅进行保护。杭州植物园已引种保存。
濒危原因：繁殖困难，由于黄山梅种子结构很特殊：外被由单层、排列致密的细胞构成的网格状外种皮，即种翅；内种皮与较为发达的胚乳紧密结合，细胞排列紧密，且显著木质化增厚；中央包被着成熟的双子叶胚。由于黄山梅的胚埋于胚乳之中，保护组织坚硬，机械性强，且外罩一层膜质外种皮，这对抵御严寒和病原菌的侵蚀来说是有利的，但同时这一结构又对种子萌发较为不利。机械组织的阻挡，尤其是不易获取氧气和水分以及营养物质而限制了种子的萌发，这可能是造成黄山梅种子在自然条件下萌发率低、实生苗少的原因之一。
保护建议：由于黄山梅具有重要的观赏、药用和科研价值，因此，为了更好地保护这个稀有物种，为了生物多样性的可持续利用，结合本研究结果，特提出以下保护建议：
生物多样性保护工作受到世界各国的关注，其保护仅靠少数保护机构是不够的，需要各部门的共同参与，尤其是保护区和科研单位要通力合作，共同关注濒危物种的保护现状，并寻找其致濒机制提出相应的保护措施。另外，在风景名胜区等地要采取图片、资料等多种形式对游人进行宣传教育，引导他们积极参与到植物保护的具体工作中来，以尽量减少旅游业开发对黄山梅生存的影响。
由于物种与生境的密切关系，就地保护是研究、保护和利用珍稀濒危植物的一有效措施。黄山梅现有分布地虽都位于皖浙交界处的保护区内，但由于各种因素的影响，有些地区没能实现真正的保护，因此建议保护区的管理人员在黄山梅的成熟期采集黄山梅的成熟种子，播种到当地适宜生境中，春季适时对幼苗进行管理，这样可以在人工帮助下扩大其种群规模。
迁地保护是拯救珍稀濒危植物及其自然群体的重要手段之一。由于黄山梅生境破碎化成斑块状，自然群体数量少、植株数量有限且更新能力较差，因此有必要有计划、有目的地对其进行迁地保护。黄山梅性喜阴湿，适生于中高海拔的林下生境，因而受海拔高度和光照强度影响较大，建议可以先在同一山体的不同山头进行移栽，再在黄山梅现有的四个分布区之间进行相互移栽，以增大基因流。日本已把该植物大批移栽到一些地方植物园内，且成功驯化为园艺植物，其成功移栽的原因可能在于日本地理纬度较我国华东地区高，喜阴凉的黄山梅更易在日本的平原地区移栽成活。因此，也可尝试把部分黄山梅移栽到植物园中并营造类似生境摸索适合其生存的最适条件，为黄山梅种质资源的保护和开发利用提供保障。另外，迁地保护要注意取样策略，由于黄山梅居群间虽存在分化，但所占比例明显低于居群内的变异水平，因而为了捕获尽量高的遗传多样性，建议遵循少取群体、群体内多取样的基本原则。迁地途径可通过收集种子、冬季移栽根状茎、春季移栽幼苗进行。
利用组织快繁技术摸索适合黄山梅的快繁体系，成功移栽后使其再回归自然群体，同时这也可为其迁地保护以及开发利用提供技术保证。
截止到2005年，对其致危过程和致濒机制尚未能完全清楚。因此，应运用多学科手段加强对其地理起源和生物学特性，特别是繁育特性的深入研究，从而揭示其濒危机制并制定相应的科学保护策略以保护黄山梅这一重要的濒危物种。
