办公室（信访和群众工作股）
承办机关党委日常工作。负责水务系统的党务、组织、人事工作。协助局领导处理机关日常事务。组织协调机关党务、目标管理工作。承办文秘档案、政务信息、目标管理、安全保密、机关事务管理工作。组织办理人大、政协有关意见、建议和提案；组织编撰行业史记和大事记；协调指导本系统社会治安和综合治理、扶贫计生、精神文明、爱国卫生工作，负责重大会议和重要接待以及机关内部规章制度建设、后勤服务管理工作。负责本系统群众来信来访日常工作；组织办理信访案件，接待来访群众；对来信来访进行协调、劝解、调查、处理和回复；指导本系统下属单位的来信来访和维护稳定工作。
计财股
负责编制全市水行业财务中长期规划和年度计划，并实施财务、会计和专项经费的综合管理（含机关财务管理）；拟定全市水行业投资计划、组织资金衔接、协调调度、监督管理；研究提出有关水行业的价格、财务等经济调节意见；负责全市水务系统国有资产的监督管理；负责本单位的经济活动、经济责任、财务收支、国有资产的审计监督；负责医疗保险等保险工作。指导本系统群团工作，落实实施公务员、事业单位工作人员管理制度。负责机构编制、劳动工资、人事管理、社会保险、退休人员管理工作。负责本系统专业技术人员和工勤服务人员的专业技术职务评聘、年度考核、职工培训、人事劳动统计和人事档案管理工作，负责水利服务体系建设工作。
水利股
负责全市水利工作的规划与建设管理工作。指导和管理全市农田水利基本建设、人畜饮水、水利工程管理与水管体制改革等工作；负责编制全市水利工程建设发展规划和年度计划；组织全市水利工程基建项目建议书和可行性报告的编制、审查工作；组织实施相关技术规程、规范和标准；负责水利建设项目按基建程序审查专报和市管项目投资计划的协调衔接工作；负责水库、山坪塘、渠道等水利设施的整治和小型水利工程的施工质量监督；负责全市水利设施基本建设行业管理，参与水利工程招标投标、工程验收、审核工程项目决算工作；负责水库大坝的安全鉴定和病险工程的整治；指导水利工程安全管理；承办水利工程管理及水利综合经营发展的日常工作。
水政水资源股
负责全市水政水资源的统一管理工作。负责宣传贯彻执行水政及相关法律、法规；组织起草配套的实施办法及规范性文件并监督实施；组织制定全市水资源总体规划、流域规划、专业规划；对城市规划及建设项目进行水资源论证；指导水政监察规范化建设和管理，查处重大水事违法案件；组织水资源费征收工作；组织编制《万源市水资源公报》。
给排水股
负责全市城乡（镇）的供、排水管理和业务技术指导。拟定全市城乡（镇）中长期供水计划、节约用水规划、供排水系统、污水处理回收利用规划；组织指导和监督计划用水、节约用水工作；负责城乡（镇）供水、节水、排水的污水再利用管理及调度工作；建立节约用水标准和节水考核指标体系，组织节约用水考核；应用推广节水技术与器具。组织对水功能区的划分。监测河漏湖库的水质、水量，审核江河湖库排污口的设置、改建和扩大；提出限制排污总量的意见。
规计股
负责全市职责范围内的地方电力管理；负责本系统地方电力的技改、地方电力企业的生产经营管理、安全生产管理；指导行业地方电站电网管理，实施技术监督，组织农村电气化建设；组织指导全市城镇及农村电网改造工作；配合有关部门做好农村电气化价格测算、检查、监督；实施地方电力项目的环保方案。
河湖管理股
贯彻执行国家有关河湖保护、治理、管理工作的方针政策和法律法规；负责组织制定全市河湖治理保护规划，协调和落实“一河一策、综合实策、多方共治”；指导全市水域及河岸线、河口、滩涂的管理保护和治理开发；负责河道管理范围内的采砂管理工作，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；承担河湖保护的支持保障和技术支撑工作；承担市河长制办公室的具体工作；拟定管理和保护河道等水域、岸线、河堤的规章制度、技术标准并监督实施；负责全市重要河段的综合治理、开发；负责河道“三线”划定及清障工作；负责辖区沿河建筑物的初审及河道清洁卫生的监督管理；承办市委市政府及市水务局交办的其他事宜。
（下属机构）水土保持局
贯彻执行水土保持法律法规、配套设施办法及有关政策；根据地方人民政府水政主观部门的委托，会同有关部门编制全市水土保持中、长期规划及年度实施计划，并负责组织实施和监督管理；依照水土保持法律、法规的规定，对全市范围内资源开发及生产及建设活动中造成的水土流失及防治情况进行监督和检查；负责审批法定权限的水土保持方案，并监督实施；组织开展有关水土保持监督、普查、调查等工作，掌握全市水土保持建设项目，家跨我市水土流失治理速度；开展水土保持科研试验、宣传教育工作，积极推广水土保持先进技术，普及水土保持科学知识，培养水土保持科技人才；负责水土保持信访和水保检查、统计工作。
（下属机构）防汛抗旱指挥部办公室
负责《中华人民共和国防洪法》、《河道管理条例》及相关实施细则的宣传、贯彻和执行；负责全市重大汛情、旱情、灾情的预报、监测和汇报，协助市政府组织防洪抗旱、防汛抢险、救灾及山地灾害防御等工作；负责全市防洪资金、物质的落实和调配。
（下属机构）水政监察大队
宣传贯彻《中华人民共和国水法》等水行政法律、法规；保护水资源、水域、水工程、水土保持生态环境、防洪抗旱和水文监测等有关设施；对水事活动进行监督检查，调处水事纠纷，维护正常的水事秩序；收水行政主管部门的委托，对公民、法人或其他组织违反水法规的行为实施行政处罚或者采取其他行政措施，办理征收行政事业性规费有关事宜；配合协调公安机关和司法机关查处水事治安、刑事案件。
（下属机构）河长制工作管理中心
承担总河长办公室日常工作，市河长制办公室各项工作。筹办各类有关“河长制”工作会议，督办落实会议部署和确定事项，组织推进“河长制”目标任务、工作重点、保障措施。联系、调度跨流域、跨地区、跨部门的“河长制”工作。落实全市河、湖、库、塘的日常监督检查，督导河湖保护管理突出问题专项整治行动的实施，协调组织开展“河长制”工作重大课题的专题调研，组织“河长制”工作问责、督导、检查和考核奖惩。起草“河长制”工作规章制度，组织“河长制”工作新闻宣传等。承办市委市政府及市水务局交办的其他事宜。
（下属机构）白沙水务站
宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）旧院水务站
负责旧院镇、井溪乡、固军乡、白羊乡、铁矿乡、蜂桶乡、堰塘乡辖区的水务工作。宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）罗文水务站
负责罗文镇、曾家乡、花楼乡、长坝乡辖区的水务工作。宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）河口水务站
负责河口镇、大沙乡、秦河乡、庙垭乡、鹰背乡辖区水务工作。宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）草坝水务站
负责草坝镇、新店乡、柳黄乡、魏家乡、玉带乡、石窝乡辖区的水务工作。宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）黄钟水务站
负责黄钟镇、丝罗乡、罐坝乡、中坪乡、赵塘乡、石人乡辖区的水务工作。宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）竹峪水务站
负责竹峪镇、康乐乡、溪口乡、虹桥乡、永宁乡辖区的水务工作。宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）大竹水务站
负责大竹镇、庙子乡、紫溪乡、庙坡乡、白果乡、钟停乡辖区的水务工作。宣传、贯彻、执行国家、省、市水利建设、管理、改革和水行政执法等各项法律、法规和方针政策；指导辖区内防汛抗旱、灌溉与排涝、农村水利工程建设、水土保持、农村水电、小型水利工程管理、水利新技术推广、农田水利基本建设等基层水利工作；指导农民用水合作组织建设与运行；承担辖区内乡镇政府交办的其他水务工作。
（下属机构）万源市小型水库管理所
负责红星水库、金山水库、船儿石水库、刘家梁水库等四座水库的防汛抗旱、水文观测、工程安全监测，工程运行，工程日常养护管理，管理范围内的水土资源保护利用，水政监察以及作为独立法人所应开展的行政、技术、资产、辅助生产等日常管理活动。负责太平镇、茶垭乡、官渡镇、青花镇、皮窝乡、梨树乡、长石乡辖区的水务工作。
（下属机构）中型水库建设管理局
负责中型水库工程项目的建设和运行管理。
