（一）办公室。负责机关日常运转和综合协调工作。承担信息、保密、信访、文电、会务、机要、档案、政务公开、政策研究、固定资产管理和效能建设等工作。负责人大代表建议、政协提案的协调处置。

（二）组织人事科。负责局系统全面从严治党日常工作，承担机关及所属单位干部人事、机构编制、工资福利、退休干部管理等工作。

（三）规划建设科。组织编制水务中长期发展规划、专业规划。执行水务工程基本建设的规章制度、规程规范和技术标准，开展水务信用体系建设。承担水务工程建设项目的技术储备、协调推进和项目稽查。承担本区水务行政许可事项、水务行政审批事中事后监管工作。

（四）计划财务科。承担财务、统计、审计和资产管理工作。组织编制部门预算并组织实施，管理各类水务资金，组织协调各类水务收费，开展预算执行、财务收支、建设项目和经济责任等审计。

（五）河长制工作科（水资源管理科）。负责水务行业管理，承担区河长制办公室、区节约用水办公室和区计划用水办公室的日常工作，组织实施最严格水资源管理制度。组织落实“水十条”和水污染防治行动计划。

（六）安全管理科。负责水务行业水旱防治工作，水情旱情监测预警工作，组织开展重要江河湖泊和重要水工程的防御工作。承担水务行业安全生产、行业综合治理、安全保卫、反恐、国防动员等工作。