（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、宣传、档案、保密、信访、热线、外事、政务公开、政策研究、督察、审计等工作。负责推进行政效能建设工作。

（二）组织人事科。负责机构编制、人事、工资、福利、职称、人才、老干部管理工作。协助党委抓好党建、纪检及群团工作。负责全局干部职工教育管理、培训、考核、奖惩工作。

（三）计划财务科。编制部门预算并组织实施，承担财务和资产管理工作。负责水务、海洋事业资金和各类建设资金的管理；牵头编制水务海洋建设和管理计划，并监督实施。

（四）海洋管理科。负责海岸带综合保护利用、海域使用和海岛保护利用规划和政策并监督实施。指导监督金山三岛海洋生态自然保护区的管理。组织开展海域海岛监视监测和评估。组织开展海洋经济运行综合监测、统计核算、调查评估、信息发布工作。

（五）河长制工作科。负责拟订河长制管理制度和考核办法，监督各项工作任务落实。指导监督河湖长效管理。负责水域及其岸线的管理和保护。负责河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。

（六）规划管理科（行政审批科）。组织编制、协调和申报水务、海洋中长期发展规划、专业规划。参与编制水功能区划、海洋功能区划。负责河湖水面率规划控制、落实河道蓝线管理等工作。负责本局行政审批服务事项的办理，指导批后监管工作。组织实施水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施。

（七）工程建设管理科。负责组织实施水利工程的建设管理工作。指导重要水利设施、骨干河道、重大项目建设管理。负责圩区排涝设施的建设管理。指导水务建设工程质量和安全管理。指导监督农村生活污水处理设施建设管理。

（八）水资源管理科。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，制定水资源中长期供水计划，水量分配工作并监督实施。指导计划用水、节约用水相关工作。指导水价改革和农业节水灌溉有关工作。指导监督供排水项目建设、设施运行管理。负责供排水行业的管理。

（九）设施运行管理科（防汛安全科）。指导监督堤防、水闸、泵站、农村生活污水处理等设施的运行管理。会同有关部门管理滩涂资源。指导监督农村水利工作。组织编制洪水干旱防治规划、骨干河道和重要水务工程的防御台风、暴雨、高潮位、洪水，抗御旱灾调度方案，并组织实施。承担水情旱情灾情预警工作。负责水务行业安全生产、应急处置工作。组织推进水务、海洋相关信息化建设。