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这两种引物分别称为限制性引物与非限制性引物;其最佳比例一般为1:50~1:100,关键是限制引物的绝对量。限制性引物太多太少,均不利于制备ss-DNA。也可用普通PCR制备靶DNA双链DNA(ds-DNA),再以ds-DNA为模板,只用其中一种过量引物进行单引物PCR制备ss-DNA。
产生的ds-DNA与ss-DNA由于分子量不同可以在电泳中分开,而得到纯ss-DNA。
不对称PCR主要为测序制备ss-DNA,尤为用c-DNA经不对称PCR进行DNA序列分析是研究真核DNA外显子的好方法。